Ingénieur en analyse de données bioinformatiques (H/F)

Missions :
La mission du CDD projet est de mettre en place l’environnement informatique permettant de produire de façon automatisée :
• l’annotation fonctionnelle des gènes et protéines identifiés dans les génomes séquencés : à cette fin, des logiciels d’analyse bioinformatique seront conçus, testés et appliqués sur les données issues du projet ciblé SEQ-SEA. Cette étape cruciale doit permettre d’attribuer de façon automatique une fonction putative aux gènes identifiés dans chaque génome. Ces informations seront mises à disposition de la communauté scientifique via les différents portails web mis en place dans le cadre des autres work-packages de BYTE-SEA ;
• des annotations structurales expertes sur des groupes d’espèces spécifiques : l’objectif est de créer des logiciels d’annotation structurales spécifiquement dédiés aux génomes de certains groupes d’espèces de la biodiversité. En effet, si le projet SEQ-SEA doit produire une annotation de base selon une méthodologie unique, il est attendu que face à l’immense diversité des 4500 espèces séquencées, cette méthode nécessite d’être adaptée pour certaines des espèces séquencées en raison de leurs caractéristiques génomiques (e.g. sites d’épissages non canoniques, densité en gène, taille et nombre d’exons).

Activités :
Déroulement des activités du CDD de projet
La mission se déroulera sur 3 années à travers la réalisation en parallèle de 2 « workpackages » détaillés ci-dessous (correspondant aux workpackages 4.1 et 4.2 du projet ciblé BYTE-SEA). Les tâches de chaque « workpackage » seront menées simultanément pour atteindre les sous-livrables intermédiaires et finaux. L’état d’avancement des sous-livrables sera réalisé à la fin de chaque « workpackage » (prévus à t0+36) par l'IE CNRS au laboratoire IRISA (UMR 6074), Responsable technique de la plateforme GenOuest.
Le résultat objectif, qui déterminera la fin du contrat, sera l'obtention de logiciels finalisés pour l'annotation fonctionnelle et l'annotation structurale des génomes, et de leur utilisation de façon automatisée sur les données produites par le projet ciblé SEQ-SEA.
L'évènement de fin de projet sera la publication de ces logiciels sous une forme réutilisable sur des dépôts publics (en particulier sur le site européen WorkflowHub.eu) avec l'obtention de DOIs (Digital Object Identifiers) associés.

WORKPACKAGE 4.1 : t0  t0 + 36 mois
Tâches :
• Implémentation d’un logiciel automatique d’annotations fonctionnelles
o Revue des composants logiciels existants dans la littérature
o Réalisation de benchmarks permettant d’identifier le meilleur enchaînement de traitements pour les génomes séquencés dans le cadre du projet ATLASea
o Implémentation du logiciel final dans un langage permettant sa réutilisation libre (e.g. Galaxy, Nextflow, SnakeMake)

• Automatisation de l’exécution du logiciel d’annotations fonctionnelles
o Intégration du logiciel dans un système d’intégration continue (
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