Ingénieur en analyse de données biologiques (H/F)

Référence : UMR9002-SOFKOS-055-03

  • Fonction publique : Fonction publique de l'État
  • Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
  • Localisation : 34396 MONTPELLIER (France)
Domaine : Recherche
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  • Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
  • Nature du contrat Non renseigné
  • Expérience souhaitée Non renseigné
  • Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels Rémunération mensuelle brute à partir de 2491.65€, ajustable selon expérience. € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
  • Catégorie Catégorie A (cadre)
  • Management Non renseigné
  • Télétravail possible Non renseigné

Vos missions en quelques mots

Missions :
La personne est responsable en particulier du traitement de données immunogénétiques (immunoglobulines ou anticorps, récepteur T et protéines de la superfamille des immunoglobulines (IgSF).
Activités :
- Définir le plan d'études et mettre en place les procédures de recueil et de contrôle des données issues des travaux de recherche en immunogénétique.
· Contribuer à l'analyse de nouveaux projets d'annotation et de biocuration et de bioinformatique au sein de l'équipe IMGT®.
· Réaliser l'analyse, l'expertise et le traitement des données de locus d'immunoglobulines et de récepteurs T (nouvelles espèces), et des protéines de la superfamille IgSF au sein de l'équipe IMGT®.
· Adapter si nécessaire les outils bioinformatiques aux besoins du projet d'annotation et de biocuration, de la mise en forme et du stockage des données.
· Alimenter les bases de données et contrôler leurs cohérences.
· Créer, modifier les pages Web dans le domaine
· Assurer la veille technique et scientifique
· Diffuser et valoriser des résultats sous formes de rapports ou d'études à usage des communautés professionnelles et scientifiques.

Contexte de travail :
https://www.imgt.org/

Bibliographie pertinente
-Debbagh C., Folch G., Jabado-Michaloud J., Giudicelli V., Kossida S.
Deciphering Gorilla gorilla gorilla immunoglobulin loci in multiple genome assemblies and enrichment of IMGT resources.
Frontiers in Immunology, 2024, 15:1475003. doi: 10.3389/fimmu.2024.1475003.
- Sanchez Sanchez G., Emmrich S., Georga M., Papadaki A., Kossida S., Seluanov A., Gorbunova V., Vermijlen, D.
Invariant γδTCR natural killer-like effector T cells in the naked mole-rat.
Nature communications, 2024 15(1), 4248. doi: 10.1038/s41467-024-48652-z.
- Nguefack Ngoune V., Bertignac M., Georga M., Papadaki A., Albani A., Folch G., Jabado-Michaloud J., Giudicelli V., Duroux P., Lefranc MP., Kossida S.
IMGT® Biocuration and Analysis of the Rhesus Monkey IG Loci.
Vaccines (Basel). 2022 Mar 3;10(3):394. doi: 10.3390/vaccines10030394 PMID: 35335026 Free PMC article.
- Linguiti G., Kossida S., Pierri CL., Jabado-Michaloud J., Folch G., Massari S., Lefranc M-P., Ciccarese S., Antonacci R.
The T cell receptor (TRB) locus in Tursiops truncatus: From sequence to structure of the alpha/beta heterodimer in the human/dolphin comparison.
Genes (Basel). 2021 Apr 14;12(4):571. doi: 10.3390/genes12040571.PMID: 33919966 Free PMC Article.
- Pégorier P., Bertignac M., Nguefack Ngoune V., Folch G., Jabado-Michaloud J.,Giudicelli V., Duroux P., Lefranc M.-P. and Kossida S.
IMGT® Biocuration and Comparative Analysis of Bos taurus and Ovis aries TRA/TRD Loci.
Genes (Basel), 2020 Dec 28;12(1):30. doi: 10.3390/genes12010030.
- Pégorier P., Bertignac M., Chentli I., Nguefack Ngoune V., Folch G., Jabado-Michaloud J., Hadi-Saljoqi S., Giudicelli V., Duroux P., Lefranc M.-P. and Kossida S.
IMGT® biocuration and comparative study of the T cell Receptor beta locus of v
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Profil recherché

Competences :
- Connaissance dans le domaine de l’immogénétique, de la biologie moléculaire et de l'immunoinformatique
- Comprendre et interpréter une problématique dans le domaine
- Utilisation des sites biologiques et bioinformatiques (NCBI, ENSEMBL …) et d’outils d’analyse et de recherche de données (BLAST, FASTA, ALIGN …)
- Connaître un langage de programmation orienté web (HTML, CSS …)
- Maîtriser les techniques de présentation (écrites et orales)
Connaissance des environnements Unix et Windows
- Anglais courant (lu, écrit, parlé)
- Savoirs-être: Membre d’equipe

Contraintes et risques :
Travail sur ordinateur

Niveau d'études minimum requis

  • Niveau Niveau 6 Licence/diplômes équivalents
  • Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie)

Langues

  • Français Seuil

Qui sommes-nous ?

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

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À propos de l'offre

  • Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

  • Vacant

  • Experte / Expert en biologie - SVT

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