Ingénieur en bioinformatique – données spatiales et multi-omiques du glioblastome (H/F)

Référence : UMR5095-KILAUD-051

  • Fonction publique : Fonction publique de l'État
  • Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
  • Localisation : 33077 BORDEAUX (France)
Domaine : Recherche
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  • Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
  • Nature du contrat Non renseigné
  • Expérience souhaitée Non renseigné
  • Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels entre 2 496,98 et 2 662,14 euros bruts mensuels en fonction de l'expérience € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
  • Catégorie Catégorie A (cadre)
  • Management Non renseigné
  • Télétravail possible Non renseigné

Vos missions en quelques mots

Missions :
L’ingénieur(e) contribuera aux analyses computationnelles et à l’intégration de ces données multi-échelles (spatiales, transcriptomiques, protéomiques, métabolomiques, single-cell RNA-seq). Il/elle développera des pipelines bioinformatiques pour la fusion de données multi-omiques (par ex. corrélation transcriptome–protéome), la modélisation de la diversité fonctionnelle des TAMs et l’analyse statistique de leur dynamique spatiale avant et après traitement. L’utilisation d’outils tels que Seurat, MOFA+, ou des approches de réseaux intégratifs sera encouragée, ainsi que la mise en place de modèles de corrélation entre signatures moléculaires, localisation spatiale et phénotypes pro- ou anti-tumoraux.

Activités :
- Développer et mettre en œuvre de pipelines bioinformatiques pour l’intégration de données multi-omiques et spatiales (MICS,MACSima RNAsky, scRNA-seq, métabolomique).

- Cartographier et caractériser des sous-populations de macrophages associés aux tumeurs, en lien avec leur contexte spatial, métabolique et fonctionnel.

- Mettre en place de modèles statistiques et apprentissage non supervisé pour identifier des signatures moléculaires et des trajectoires cellulaires.

- Collaborer avec les partenaires expérimentaux pour valider les résultats in silico et guider les expériences fonctionnelles.

- Etablir une documentation claire et reproductible des analyses, en accord avec les bonnes pratiques FAIR et le Data Management Plan du projet.

Contexte de travail :
Ce poste s’inscrit dans le cadre du projet INCA PCSI FAMTOM (Unraveling the function of tumor-associated macrophages expressing ML-IAP in glioblastoma), qui rassemble des experts en neuro-oncologie, chimie, métabolisme et bioinformatique pour comprendre le rôle fonctionnel des macrophages associés aux tumeurs (TAMs) exprimant ML-IAP dans le glioblastome.
Le projet s’inscrit dans les activités du projet FAMTOM, garantissant un environnement scientifique stimulant à l’interface de la cancérologie, de l’immunologie et de la bioinformatique.
L’ingénieur(e) rejoindra l’équipe Computational Biology & Bioinformatics de l’IBGC (CNRS, Bordeaux), dirigée par Dr Macha Nikolski, et travaillera en forte interaction avec les partenaires expérimentaux du consortium dont l’équipe de Dr Thomas Daubon (Bordeaux) et de Dr Aurélie TCHOGHANDJIAN (Marseille).

Profil recherché

Competences :
Le/la candidat(e) idéal(e) possède un diplôme de Master ou d’ingénieur avec une spécialisation en bioinformatique. L’expérience antérieure en analyse de données provenant de la recherche sur le cancer serait un plus.

- Connaissances en modélisation statistique et/ou apprentissage machine (GLM, PGLS, clustering, intégration multi-vue).
- Connaissances en analyse de données génomiques et transcriptomiques (FASTA/GFF, RNA-seq, scRNA-seq, spatial omics)
- Connaissance des bases de données biologiques (Ensembl, NCBI, COSMIC, etc.).
- Maîtrise de Python et/ou R pour l’analyse statistique et l’intégration multi-omique.
- Aisance et capacité à travailler dans un environnement collaboratif multidisciplinaire et excellente capacité de communication scientifique.
- Une expérience en spatial omics ou en analyse de microenvironnement tumoral constitue un atout.
- Maîtrise de l’anglais écrit et parlé: niveau C1 du cadre européen de référence pour les langues (CECRL)
Contraintes et risques :

Niveau d'études minimum requis

  • Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
  • Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie)

Langues

  • Français Seuil

Qui sommes-nous ?

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

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À propos de l'offre

  • Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

  • Vacant

  • Experte / Expert en biologie - SVT

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