Ingénieur en bioinformatique, analyse de données métagénomique, et développement de workflows (H/F)

Missions :
La personne recrutée sera impliquée dans le développement et la validation de workflows pour le traitement et l'analyse de données métagénomiques dans le cadre du projet ABRomics (IFB et Institut Pasteur). Dans ce cadre, les analyses inclueront la détection des gènes et mutations associées à la résistance aux antibiotiques en passant par les étapes d’assemblage, de reconstruction de génomes (MAGs), et leur annotation taxonomique et fonctionnelle. Il/elle aura également en charge du développement et de l’implémentation d’algorithmes innovants pour la modélisation et la prédiction des dynamiques Eco-Evo des gènes de résistance. En particulier, il est envisagé la mise en œuvre d'algorithmes pour déduire les réseaux de co-occurrence résolus au niveau du (pan)génome afin de détecter et prédire les flux de gènes (ABR) récents. Un objectif sera le développement d’un workflow pour l’analyse des réseaux (pan)génomiques et la prédiction de la propagation potentielle de l'ABR dans les réservoirs/écosystèmes. Enfin, Il/elle aura également en charge l’interfaçage des workflows et de leur interopérabilité sous Galaxy (https://galaxyproject.org/).
Activités :
- Développer et améliorer des scripts existants en Python/R
- Implémentation d’outils sous Galaxy
- Développement de workflows sous Galaxy
- Réaliser le traitement des données
- Gérer et maintenir les outils informatiques partagés
- Conseiller et former aux techniques et outils développés
- Appliquer et faire appliquer les règles en vigueur de la déontologie, l’éthique, les bonnes pratiques cliniques et épidémiologiques
- Assurer une veille scientifique et technologique
- Rendre compte de l’évolution des travaux en comité restreint IFB et au consortium ABRomics, et participer aux réseaux professionnels
- Diffuser et valoriser des résultats sous forme de rapports techniques ou d'études
Contexte de travail :
L’Institut Français de Bioinformatique (IFB ; france-bioinformatique.fr) est une infrastructure nationale en biologie-santé qui fédère 36 plateformes et équipes régionales de bioinformatique, et une unité coordinatrice, IFB-core (UMS CNRS 3601). L’IFB est également le nœud français de l’Infrastructure de Recherche européenne en bioinformatique ELIXIR (ESFRI).
L’IFB a pour missions :
1. de mettre en place un service national en bioinformatique, accessible à tous les chercheurs en sciences du vivant, sous la forme d’une infrastructure environnée (stockage, calcul, environnement logiciel, bases de données, serveurs Web nationaux, support aux usagers, accompagnement de projets, formations, …),
2. de répondre à l’évolution rapide des technologies et des besoins ;
3. d’anticiper les futurs développements du domaine ;
4. d’assurer la représentation des services bioinformatiques français au niveau international ;
5. de favoriser l’engagement des communautés des sciences du vivant dans les projets nationaux et internationaux associés à la bioinfo
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