Ingénieur en bioinformatique F/H
Référence : 2025-2115432
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Collège de France
- Localisation : 75005 Paris
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
- Nature du contrat Non renseigné
- Expérience souhaitée Confirmé
-
Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels Non renseignée Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Vous serez basé.e au CIRB au sein du Collège de France et au LCQB sur le campus de Jussieu de Sorbonne Université, ainsi qu’à l’IBENS au sein de l’ENS.
Vos interlocuteurs principaux seront les Dr Samuel Alizon (CIRB), Anna Zhukova (IBENS) et Laurent Jacob (LCQB).
Missions
Vous serez placé.e sous l'autorité hiérarchique du Dr Samuel Alizon.
Vos principales missions seront les suivantes :
- Exploiter et modifier des modèles d’apprentissage profond existant
- Analyser des jeux de données existants
- Réaliser des programmes de simulation de données
- Réaliser des rapports sur les travaux effectués
- Assurer une veille bibliographique
Activités principales
- Conception de programme pour réalisation de simulation d’épidémies et génération de données de séquence génétique
- Utilisation d’algorithmes d’apprentissage profond existants pour analyser les données simulées
- Ajustement d’algorithmes d’apprentissage profond existants pour prendre en charge de nouvelles données
- Modification d’algorithmes d’apprentissage profond existants pour gérer des nouveaux scenarios biologiques
- Analyse statistique des données simulées
- Rédaction de rapports scientifiques en anglais
- Veille bibliographique
Compétences
- Excellentes connaissances en modélisation mathématique en biologie
- Excellentes connaissances en programmation sur au moins un langage de haut niveau et un langage de bas niveau
- Excellentes connaissances en statistiques
- Bonnes connaissances théoriques en apprentissage profond
- Bonnes connaissances en épidémiologie et/ou en biologie de l’évolution
- Bonne maîtrise de l'anglais (écrit, lu, parlé)
Profil recherché
BAC +5
Une expérience préalable en phylogénétique/phylodynamique un plus
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
Langues
- Anglais Autonome
Éléments de candidature
Documents à transmettre
Qui sommes-nous ?
Une institution unique
Institution singulière en France, sans équivalent à l’étranger, le Collège de France occupe une situation à part dans la recherche fondamentale et l’enseignement supérieur français. Le Collège de France a pour mission de contribuer au développement et au progrès de la science et de la culture, de promouvoir la recherche et d’en diffuser les résultats par des enseignements, des missions et des publications. Les enseignements sont délivrés sans condition d’accès et sans finalité de grade ou de diplôme. Ils sont organisés dans des conditions fixées par l’assemblée du Collège de France.
Depuis sa fondation, en 1530 par François Ier, jusqu’à nos jours, deux dispositions essentielles ont maintenu et développé sans discontinuité la valeur créatrice de cette communauté savante :
- Lors de départs à la retraite de professeurs, le renouvellement des chaires se fait en fonction des derniers développements de la science, l’intitulé de la chaire créée définissant la nouvelle thématique de recherche.
- Le libre choix par leurs pairs, réunis en assemblée du Collège de France, des nouveaux professeurs appelés à occuper ces chaires suivant la seule considération de leurs travaux antérieurs, et non de leurs titres.
Par la souplesse et le dynamisme de ce processus, le Collège de France peut s’adapter en permanence à l’évolution des sciences et rester ainsi un pôle d’animation de la communauté scientifique. Le Collège de France ne cesse de vérifier cette phrase d’un de ses professeurs, Maurice Merleau-Ponty : « Ce que le Collège de France, depuis sa fondation, est chargé de donner à ses auditeurs, ce ne sont pas des vérités acquises, c’est l’idée d’une recherche libre ».
Docet omnia
Le Collège de France est voué à la recherche fondamentale. Il a, en outre, l’obligation de diffuser les résultats de cette recherche dans le cadre d’un enseignement particulier. Les professeurs sont tenus d’enseigner « le savoir en train de se faire ».
La liberté de la recherche et des enseignements
Les chaires du Collège de France intéressent les domaines les plus variés : mathématiques, physique, chimie, biologie, histoire, archéologie, linguistique, orientalisme, philosophie, sciences sociales…
Elles ne sont pas permanentes : le principe de mutabilité des chaires évite la rigidité des grilles de disciplines. À l’initiative de l’assemblée du Collège de France, le titre d’une chaire devenue vacante peut être maintenu ou le plus souvent transformé : un mathématicien peut succéder à un historien ou un linguiste à un économiste. Aucun grade universitaire n’est requis pour celui qui se présente aux suffrages, seules comptent l’importance et l’originalité de ses travaux. Ainsi, le Collège jouit non seulement d’une liberté considérable dans ses activités d’enseignement et de recherche mais s’adapte aussi aux progrès réalisés dans tous les domaines de la connaissance.
Enseigner librement la recherche en train de se faire à tous les publics intéressés, faciliter la diffusion des connaissances, favoriser l’émergence de disciplines nouvelles et l’approche multidisciplinaire de la recherche de haut niveau, contribuer à l’image internationale de notre pays dans les domaines de la recherche et de la culture, telles sont, depuis des siècles, les missions du Collège de France. Dans un monde en perpétuel changement, confronté au développement des connaissances sans précédent, au foisonnement des informations, aux nouvelles techniques de communication et aux adaptations sociales et professionnelles indispensables, ces missions sont plus que jamais d’actualité.
Descriptif du service
Le Centre Interdisciplinaire de Recherche en Biologie (CIRB), situé au Collège de France dans le centre de Paris, est une structure de recherche associant le Collège de France, le CNRS et l’INSERM. Le Centre comprend plusieurs plateformes techniques (imagerie, histologie, culture, expérimentation animale, …). La mutualisation de moyens financiers sous la forme de ressources levées auprès des équipes du CIRB et du soutien financier de différents acteurs (EPST, Fondations, Région, Industrie) a contribué à financer ces outils et permet leur fonctionnement et entretien. Le CIRB continue à développer des interactions fortes avec des institutions de PSL, telles l’Ecole Normale Supérieure et l’Institut Curie ; il fait également partie du Labex Memolife.
Ce poste s'inscrit dans le cadre du projet ANR DEELOGENY (https://deelogeny.pages.in2p3.fr/) qui a pour but de développer des méthodes d’apprentissage profond pour l’analyse des données de séquences génétiques et des phylogénies.
À propos de l'offre
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Modalités de candidature
Le dossier de candidature, constitué des documents suivants :- Une lettre de motivation
- Un curriculum vitae précisant l’employeur et la situation statutaireIl doit être adressé dans un délai de 1 mois suivant la publication à la Direction des Ressources Humaines à l’adresse suivante :
job-ref-3f7s0kv7m3@emploi.beetween.com
Notre établissement, s’engage à soutenir et promouvoir l’égalité, la diversité et l’inclusion au sein de ses communautés. Nous encourageons les candidatures issues de profils variés, que nous veillerons à sélectionner via un processus de recrutement ouvert et transparent. -
Particularités du poste
Le poste implique un travail sur deux sites -
Poste réservé aux contractuels
Catégorie A - niveau ingénieur détudes -
Vacant à partir du 02/01/2026
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Experte / Expert en calcul scientifique