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Ingénieur en bioinformatique pour l'analyse de données de métagénomique virale (H/F) - RENABI - Villeur

Référence : UAR3601-ANILEF-046

  • Fonction publique : Fonction publique de l'État
  • Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
  • Localisation : 69100 VILLEURBANNE (France)
Domaine : Recherche
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  • Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
  • Nature du contrat Non renseigné
  • Expérience souhaitée Non renseigné
  • Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels à partir de 2 571,89 euros bruts par mois selon expérience € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
  • Catégorie Catégorie A (cadre)
  • Management Non renseigné
  • Télétravail possible Non renseigné

Vos missions en quelques mots

Missions :
La mission de l’ingénieur est l’analyse bioinformatique de données de métagénomique virale dans le but de mieux caractériser les interactions des virus avec leurs hôtes.
Activités :
- Développement ou adaptation de pipelines de métagénomique virale sous nextflow/snakemake
- Analyse de données de métagénomique/métatranscriptomiqiue disponible dans le cadre du projet en collaboration avec M. Hugoni, le projet Virome@tlas et le NNCR cloud de l’IFB

Contexte de travail :
L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) est une infrastructure nationale en biologie-santé regroupant 28 plateformes régionales de bioinformatique et une unité coordinatrice, IFB-core (UAR 3601). L’IFB a pour mission de mettre en place un service national en bioinformatique, accessible à tous les chercheurs en sciences du vivant, sous la forme d’une infrastructure environnée (stockage, calcul, environnement logiciel, bases de données, serveurs web nationaux, support aux usagers, accompagnement de projets, formations, …), de répondre à l’évolution rapide des technologies et des besoins, et d’anticiper les futurs développements du domaine. Le PRABI-AMSB est une plateforme UCBL1 de la FR BioEEnvis, membre de l’IFB et héberge plusieurs personnel IFB impliqué plus particulièrement dans le développement du cloud académique et son application en Intelligence Artificielle. Il y a une possibilité de prolongement du contrat de 6 mois dans la cadre du projet cloud4SAM en collaboration avec l’IFB avec pour mission le développement de pipeline en de métagénomique microbienne dans le cadre d’un cloud sécurisé.
La personne recrutée travaillera au sein du PRABI-AMSB, UCBL1, FR BioEEnVis
- Restaurant administratif sur place
- Possibilité de faire du télétravail (jusqu’à 2 jours par semaine)
- Temps de travail : 38h30/semaine et 45 jours de congés annuels.
- Le travail nécessitera des déplacements occasionnels en France et à l'étranger pour participer à des réunions, des formations ou des événements.

Profil recherché

Competences :
■ Savoirs / connaissances
- Métagénomique virale
- Microbiologie
- Biologie Moléculaire
- Méthode de séquençage
- Bioinformatique (algorithme d’assemblage, assignation taxonomique, annotation fonctionnelle, phylogénie moléculaire)

■ Savoir-faire
- Programmation Python, Bash, R
- Environnement Linux
- Gestionnaire de workflow (Nextflow/Snakemake), containeurisation Docker, gestion d’environnement Conda
- Utilisation d’infrastructure de calcul et de stockage (cluster, cloud)
- Analyses bioinformatiques des données de métagénomique (assemblage, annotation taxonomique et fonctionnelle)
- Analyses statistiques en écologie (calcul d’indice de biodiversité, analyse multivariée) est un plus
- Phylogénie moléculaire est un plus
- Mise en forme des résultats sous l’application shiny ou Notebook Jupyter

■ Savoirs-être
- Autonomie
- Rigueur, ponctualité
- Force de proposition
- Ouverture d’esprit, créativité
- Communication des résultats, formation des utilisateurs


Contraintes et risques :

Niveau d'études minimum requis

  • Niveau Niveau 6 Licence/diplômes équivalents
  • Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie)

Langues

  • Français Seuil

Qui sommes-nous ?

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

En savoir plus sur l'employeur

À propos de l'offre

  • Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

  • Vacant

  • Experte / Expert en biologie - SVT

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