Ingénieur/ Ingénieure d'études (H/F) en bioinformatique marine
Référence : UMR7238-RICDOR-004
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
- Localisation : 75252 PARIS 05 (France)
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
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Nature du contrat
CDD de 2 ans
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) entre 2212,08 et 2388,78 euros brut/ mois selon expérience € brut/an
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Missions :
Les habitats cryosphériques tels que l'océan Arctique et l'océan Austral, ainsi que les glaces et les neiges polaires et montagneuses, sont habités par une gamme variée d'algues eucaryotes, originaires de nombreux groupes différents (diatomées, algues vertes, chrysophytes...). Ces taxons, bien qu'ils soient séparés par des centaines de millions d'années d'évolution, possèdent des adaptations convergentes qui leur permettent de tolérer des températures basses tout au long de l'année. Ces adaptations comprennent notamment des protéines de liaison à la glace, une gamme variée de peptides dont beaucoup contiennent la PFAM PF11999 conservée, qui peut former des complexes autour des cristaux de glace naissants grâce à leurs domaines riches en thréonine. Les protéines de liaison à la glace remplissent de multiples fonctions chez les algues cryophiles, par exemple en empêchant la mort cellulaire des algues par choc osmotique lors des transitions de congélation dans le cytoplasme, ou en leur permettant d'adhérer à et de s'accumuler dans la glace de mer flottante pendant l'hiver polaire.
Précédemment, l'équipe hôte (HEAL, Richard Dorrell, CQSB UMR7238) a réalisé une étude globale complète des protéines de liaison à la glace chez les algues cryophiles, démontrant pour la première fois que les espèces originaires des habitats arctiques et antarctiques possèdent des isoformes de cette protéine fondamentalement différente les unes des autres. Cela est probablement dû au transfert horizontal indépendant des gènes codant pour ces protéines dans l'intérieur de chaque océan. L'équipe hôte maintenant développe ces données en séquençant un ensemble de vingt espèces d'algues isolées de l'eau de mer arctique en automne 2021, et en utilisant des données métagénomiques pour comprendre la distribution de ces protéines dans la nature. Ces souches présentent notamment des réponses différentes aux stress de réchauffement et de rafraîchissement en laboratoire, et donc auront une fragilité ou une résilience probable différente face au changement climatique anthropique.
References :
Dorrell, R. G., … Lovejoy, C. (2023). Convergent evolution and horizontal gene transfer in Arctic Ocean microalgae. Life Sci Alliance, 6(3), 26508.
Perrin, A.J., & Dorrell, R.G. (2024). Protists and protistology in the Anthropocene: challenges for a climate and ecological crisis. BMC Biology 22, 279.
Raymond, J. A., & Kim, H. J. (2012). Possible role of horizontal gene transfer in the colonization of sea ice by algae. PLoS One, 7(5), e35968.
Vance, T. D. R., … & Mangiagalli, M. (2019). Ice-binding proteins and the “domain of unknown function” 3494 family. FEBS J, 286(5), 855–873.
Activités :
Ce projet utilisera des approches bio-informatiques pour comprendre comment les protéines de liaison à la glace fonctionnent à travers la diversité phylogénétique, biogéographique et physiologique des algues cryophiles. Au début,
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr...
Profil recherché
Competences :
- Une compréhension préalable de la taxonomie des algues, et de leurs relations évolutives sont essentielles.
- La capacité de gérer un projet de recherche indépendante est essentielle
- Une expérience préalable dans au moins une technique phylogénétique (iQTREE, RAxML, PhyloBayes) est essentielle.
- Une expérience préalable de la rédaction et de la communication scientifiques, qui compris du travail dans un environnement de recherche interdisciplinaire, est fortement souhaitée
- Une expérience préalable d'au moins un langage bioinformatique (bash, python, R), ou une capacité de l’apprendre, est souhaitée
- Une expérience préalable des outils d'annotation fonctionnelle et structurelle des protéines (AlphaFold, prédicteurs d’adressage) est souhaitée mais non essentielle.
- Une expérience préalable en métagénomique est souhaitée mais non essentielle.
- Le poste est également ouvert aux candidats francophones et anglophones. Au cours de ce poste, le candidat sera encouragé à développer son autonomie dans la communication orale dans sa langue non maternelle.
Contraintes et risques :
Dans les limites du faisable, ce poste peut être adapté pour permettre un télétravail à temps partiel. Le candidat devra néanmoins se rendre au laboratoire deux jours par semaine pour participer aux réunions d'équipe et aux séminaires de laboratoire.
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 6 Licence/diplômes équivalents
- Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie)
Langues
- Français Seuil
Qui sommes-nous ?
Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.
C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.
Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.
Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
À propos de l'offre
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
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Vacant
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Experte / Expert en expérimentation, instrumentation et techniques biologiques
