Ingénieur(e) d'Etudes (H/F) en Biologie Moléculaire/Génomique

Référence : UMR8104-ROYMAT-001

  • Fonction publique : Fonction publique de l'État
  • Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
  • Localisation : 75014 PARIS 14 (France)
Domaine : Recherche
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  • Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
  • Nature du contrat Non renseigné
  • Expérience souhaitée Non renseigné
  • Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels à partir de 2571,89 euros brut selon expérience € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
  • Catégorie Catégorie A (cadre)
  • Management Non renseigné
  • Télétravail possible Non renseigné

Vos missions en quelques mots

Missions :
Le ou La Ingénieur(e) d'Etudes participera au projet CHARMs (ANR) visant à décrypter les mécanismes de répression du VIH-1 par le complexe HUSH (TASOR/MPP8/PPHLN-1), en intégrant expériences de génomique (CUT&Tag, CUT&RUN, DRIP-seq, ATAC-seq) et analyses bioinformatiques. Il ou elle contribuera à la préparation d’échantillons, leur analyse et aux projets en cours dans le groupe de recherche RNA metabolism and HIV latency (https://institutcochin.fr/en/research-project/rna-metabolism-and-hiv-latency).
Activités :
-Culture cellulaire (Jurkat ; HeLa), transfections/électroporations, CRISPR/Cas9 simples (KO/complémentations) et CRISPRi.
-Préparation d’échantillons pour CUT&Tag / CUT&RUN / ATAC-seq, smRNA-FISH/IF, Co-IP, Western-Blot, Nuclear Run On.
*Activités Transversales:
-Communication interne (réunions d’avancement), Gestion des réactifs/anticorps, tenues de cahier, traçabilité.
-Analyse de données & pipelines (Optionnel mais véritable atout):
QC (FastQC/MultiQC), alignements (Bowtie2), filtrages, peak calling (p. ex. HOMER/MACS), intersections (bedtools), matrices & heatmaps (deepTools), tracks bigWig & IGV.

Contexte de travail :
Le/la IE rejoindra le jeune groupe de Roy Matkovic à l’Institut Cochin UMR8104, Paris, au sein d’un projet ANR JCJC (CHARMs) pour un contrat de 36 mois en fonction du profil du ou de la candidat(e). Le groupe fait partie de l'équipe Retrovirus, Infection et Latence, et travaille ainsi en étroite interaction avec les groupes de l'équipe mais aussi avec les plateformes locales notamment GENOM’IC (NGS), et le HUB’IC (bioinfo). Des collaborations actives sont prévues (ex. Mickael Blaise, IRIM Montpellier, Catherine Lavazec - Institut Cochin sur l'ANR PlasmoHost).

Profil recherché

Competences :
-Solide socle en biologie moléculaire, biochimie, culture cellulaire en L2, et génomique fonctionnelle (au moins une des suivantes : CUT&Tag, CUT&RUN, ATAC-seq).
-Rigueur expérimentale, sens de l’organisation, documentation soignée, travail en équipe.
*Atouts appréciés : Premiers pas concrets en analyse NGS (Linux/bash, conda, alignement, QC, bases de R/Python), Outils : Snakemake/Nextflow, HOMER/MACS, deepTools, bedtools, IGV, pandas/ggplot2.
*Anglais scientifique opérationnel (l’environnement est international: Les langues anglaises et françaises sont quotidiennement utilisées)
Profil (selon expérience):
Curiosité marquée pour les expériences de génomique, goût pour la biologie moléculaire en contexte épigénomique/VIH.
IE : Bac+5 (Master/Ingé) ou équivalent
Contraintes et risques :
Travail en laboratoire L2 (cellules T humaines, manipulations d’ADN/ARN viraux non infectieux dans des modèles de latence) ; respect strict des procédures de sécurité.
Les déplacements ne sont pas à prévoir hormis lorsque participation à des congrès nationaux ou/et internationaux.

Niveau d'études minimum requis

  • Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
  • Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie)

Langues

  • Français Seuil

Qui sommes-nous ?

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

En savoir plus sur l'employeur

À propos de l'offre

  • Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

  • Vacant

  • Experte / Expert en biologie - SVT

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