Ingénieur(e) de Recherche génomique et bioinformatique- projet REBONDIR

Missions
Activités principales :
Dans le cadre du projet intitulé « REBONDIR » retenu au titre de l’AMI FEDER / INTERREG VI 2023 financé par le PO FEDER / INTERREG 2021/2027 vous êtes recruté(e) au sein de l’unité PVBMT pour une période de 24 mois en tant qu’ingénieur de recherche pour venir en appui technique et scientifique au projet sous la responsabilité de Mme Isabelle Fock-Bastide porteur du projet.
Dans ce cadre vous serez affecté(e) aux tâches et actions suivantes :
Action 1 “ Etude des patrons de diversité génétique chez trois plantes indigènes à la Réunion”
Vous contribuerez à l’Action 1 en vous attachant à réaliser les tâches suivantes :
● Assemblage de génome de reference (séquençage PacBio) et annotation
● Assemblage de données GBS de trois espèces et alignement sur les génomes de référence
● Appel de variants (SNP, Indels)
● Calcul d’indicateurs synthétiques de la diversité génétique
● Identification des principaux groups génétiques et étude des flux de genes entre populations
● Etude des facteurs (géographique, climatique…) expliquant l’isolement reproducteur des populations
● Comparaison des résultats entre populations naturelles et anthropisées
De manière prévisionnelle, vous devrez affecter votre temps de travail à 40 % à la réalisation de cette action 1.
Au terme de votre mission vous devrez restituer vos travaux auprès de Mme Isabelle Fock-Bastide porteur du projet sous la forme d’une publication scientifique. Des rapports intermédiaires seront produits tous les 3 mois.
Action 2 “Adaptation locale et prévision de la vulnérabilité génomique des populations face au changement climatique”
Vous contribuerez à l’Action 2 en vous attachant à réaliser les tâches suivantes :
● Détection des régions génomiques sous sélection par des méthodes sans a priori (scan génomique, FST-outliers…) et des méthodes de GWAS / génomique fonctionnelle
● Représentation spatiale de la variabilité des fréquences alléliques pour les marqueurs sous sélection
● Interprétation des résultats
● Validation fonctionnelle
● Prévision de la vulnérabilité des populations face au changement climatique, via des analyses statistiques et spatiales
De manière prévisionnelle votre temps de travail sera affecté à 50 % à la réalisation de cette action 2
Au terme de votre mission vous devrez restituer vos travaux auprès de Mme Isabelle Fock-Bastide porteur du projet sous la forme d’une publication scientifique. Des rapports intermédiaires seront produits tous les 3 mois.