Ingénieur.e en ingénierie logicielle

Principales missions : 

• Concevoir, développer et optimiser les pipelines d’analyse de données pour l’imagerie, la cytométrie, le séquençage et la transcriptomique

• Développer des outils pour la conception assistée de circuits génétiques, y compris l’optimisation des séquences, la modélisation et l’analyse

• Mettre en œuvre des flux de travail reproductibles et automatisés

• Gérer le versionnage des codes et des pipelines à l’aide de systèmes de contrôle de version tels que Git, GitLab et GitHub

• Conteneuriser et déployer des outils sur des environnements de calcul (clusters, cloud, serveurs locaux) à l’aide de Docker ou Singularity

• Maintenir les pipelines et fournir une assistance aux utilisateurs, y compris la résolution des bogues et les mises à jour

• Documenter les outils et les flux de travail à la fois techniquement et fonctionnellement

• Rester à jour avec les dernières technologies, outils, méthodologies et meilleures pratiques dans le domaine

• Participer à l’analyse des besoins des projets de recherche

• Collaborer avec les équipes de biologie synthétique, de bio-informatique et potentiellement avec des plateformes technologiques (imagerie, cytométrie, séquençage)

• Former et accompagner des utilisateurs (scientifiques et ingénieurs)

• Assurer des activités d’encadrement de stagiaires dans son domaine scientifique

• Contribuer à la rédaction de publications, rapports, dossiers techniques ou scientifiques

• Participer ponctuellement aux activités transversales liées au fonctionnement informatique de l’institut, en coordination avec les équipes techniques (exemple : support léger aux utilisateurs, contribution aux bonnes pratiques de gestion des données, réflexion sur les évolutions des infrastructures locales si pertinent)