Ingénieure ou ingénieur d'étude en bioinformatique (H/F)
Référence : UMR6074-ANNSIE-010
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
- Localisation : 35042 RENNES (France)
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
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Nature du contrat
CDD d'1 an
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels De 2 496,98 € et 3 706.14€ selon expérience € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Missions :
Le poste s’inscrit dans le projet SuPRTryP, soutenu par le PEPR BBEST, qui combine des approches numériques et expérimentales pour exploiter la diversité des levures et valoriser des co-produits agroalimentaires par fermentation.
La personne sera en charge du développement d’un pipeline d’annotation automatique des fonctions enzymatiques de génomes de levures. Ce pipeline s’appuiera sur des pipelines développés par des partenaires de l’IRISA, qu’il faudra adapter au cadre des levures. Le pipeline devra ensuite être enrichi par des méthodes originales de prédiction de fonctions enzymatiques présélectionnées par l’équipe de recherche, dont il faudra s’assurer du passage à l’échelle.
Enfin, la personne devra développer une méthode pour interpréter les annotations enzymatiques en voies métaboliques d’intérêt pour le projet scientifique. Le pipeline sera appliqué à une sélection de plusieurs centaines de souches de levures sélectionnées par le consortium du projet.
Activités :
- Développer un pipeline d’annotation des fonctions enzymatiques de génomes de levures et de leur interprétation en voies métaboliques ciblées.
- Réaliser l’annotation structurelle de souches de levure clés pour le projet scientifiques.
- Implémenter des algorithmes de prédictions de fonctions enzymatiques issus de l’état de l’art.
- Développer un algorithme d’interprétation d’annotations enzymatiques en voies métaboliques.
- Annoter fonctionnellement des génomes de levures (plusieurs centaines).
Contexte de travail :
Le poste s’inscrit dans le projet SuPRTryP, soutenu par le PEPR BBEST, qui vise à développer des alternatives biotechnologiques durables à la synthèse chimique pétro-sourcée pour produire des métabolites à haute valeur ajoutée comme la mélatonine ou la sérotonine. Le projet repose sur l’analyse de génomes de levures, le développement de procédés de fermentation à partir de biomasses résiduelles, et un cas d’usage axé sur la valorisation des co-produits de la vigne et du vin. L’ambition est de créer une chaîne complète, de la biodiversité microbienne à la transformation de déchets en produits à valeur ajoutée, avec des méthodes transférables à d’autres filières.
La personne recrutée devra s’intégrer dans le projet en collaborant avec les ingénieurs et doctorants bioinformaticiens du projet (laboratoire IRISA, équipe Biographs/Dyliss), les membres de la plateforme bioinformatique GenOuest pour les calculs, et les partenaires biologistes et chimistes du consortium.
La personne devra aussi participer aux événements annuels du PEPR BBEST pour partager ses réalisations avec l’ensemble des projets du PEPR.
Présentation du CNRS en tant qu'employeur : https://www.cnrs.fr/fr/le-cnrs
L'IRISA comme laboratoire d'affectation : https://www.irisa.fr/umr-6074
Profil recherché
Competences :
- Connaissances avancées en bioinformatique.
- Expertise en annotations de génomes.
- Capacité à utiliser des infrastructures de calcul (bash).
- Méthodes d’ingéniérie des connaissances (RDF).
- Programmation (python).
- Travail avec des environnements de workflow (Galaxy).
Contraintes et risques :
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
- Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie)
Langues
- Français Seuil
Qui sommes-nous ?
Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.
C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.
Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.
Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
À propos de l'offre
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
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Vacant
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Experte / Expert en biologie - SVT
