Offre de thèse (H/F) sur l'analyse des composés organiques volatils dans l’air expiré pour le diagnosti

Sujet de thèse :
Analyse des composés organiques volatils dans l’air expiré pour le diagnostic rapide d'infections respiratoires émergentes

Les composés présents dans l’air expiré reflètent directement le métabolisme humain et peuvent donc indiquer l'état physiopathologique de l'organisme et servir en outre de marqueurs potentiels à de nombreuses pathologies comme les cancers ou les infections virales. Ainsi ce travail de thèse s’attachera à travaille à la conception d’une nouvelle méthodologie pour détecter des composés présents dans l’air expiré qui pourront révéler des infections virales (SARS-CoV-2, grippe) et bactérienne (Legionella pneumophila). Aussi simple et rapide qu’un éthylotest, cette méthodologie se base sur les incroyables performances d’une nouvelle génération d’instruments. Ainsi un nouveau champ pour le dépistage de pathologies respiratoires pourrait voir le jour.

Pour ce faire, le candidat au doctorat se concentrera sur
(i) le développement de l'émission de COV des cultures cellulaires qui seront infectées par des bactéries et des virus pendant les 12 premiers mois de son travail ;
(ii) l'analyse des COV par Vocus-PTR pendant l'essai clinique. Plus spécifiquement, le candidat au doctorat sera en charge de l'instrument Vocus-PTR et aidera à recueillir l'air expiré pendant l'essai clinique. Cela fera partie de la première et de la deuxième année de son doctorat.

Ensuite, le travail principal effectué par le candidat
(iii) consistera à réaliser les expériences in vitro, notamment sur la culture axénique et cellulaire pour Legionella. Il/elle sera en charge de concevoir la procédure expérimentale, de collecter les données. Ce travail sera réalisé en collaboration avec le deuxième doctorant de l'équipe VirPath qui sera formé à la culture virale ;

(iv) De plus, le candidat sera responsable de l'analyse des données COV collectées au cours des différentes tâches et d'interagir directement avec les biostatisticiens pour développer une méthodologie d'analyse permettant d'identifier les biomarqueurs et le profil COV. La comparaison de la composition chimique obtenue au cours des expériences in vitro et in vivo sera également tentée pour évaluer la faisabilité de l'identification des marqueurs COV clés à partir de systèmes cellulaires simplifiés.
Contexte :
Les interactions humaines et le commerce international ont accéléré la propagation d’espèces et de virus envahissants, qui ont de graves conséquences économiques, environnementales et écologiques. La pandémie de COVID-19, qui a circulé dans 206 pays et a entraîné des millions de décès, est un exemple frappant de notre fragilité face aux agents pathogènes et de la rapidité et de l’ampleur de leur propagation en raison du commerce et des voyages. Cette crise sanitaire en cours met également en évidence les principales limites des méthodes actuelles de dépistage médical, qui se limitent à quelques centaines de tests/1Mpop/jour et r
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