PH1871 A1A41 - Ingénieur-e biologiste en analyse de données H/F
Référence : 2022-910660
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Université Paris Cité
- Localisation : 20 rue Leblanc 75015 Paris
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert aux titulaires et aux contractuels
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) Non renseigné
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Résumé du poste
L’ingénieur(e) de recherche aura comme mission principale de conseiller et accompagner des projets faisant appel à la technologie de séquençage à haut débit dans le contexte d’études biologiques. Poste transversal impliquant l’interaction avec 11 des 13 équipe du centre de recherche, sous la responsabilité scientifique d’une directrice de recherche Inserm. Encadrement : L’agent sera amené à donner des formations collectives et individuelles sur l’exploitation et la visualisation de données de séquençage à des étudiants, doctorants et chercheur débutants et confirmés qui s’initieraient à l’utilisation de la technologie NGS appliquée en génomique et transcriptomique.
Descriptif des activités
- Intervenir auprès des chercheurs à un stade de conception des projets pour étudier la faisabilité de l’application de la technologie souhaité pour répondre à la question biologique posée ;
- Assurer la réception des données essentiellement de l’une des plateformes de séquençage de l’Université de Paris, assurer un contrôle qualité des données brutes de séquençage RNA (bulk RNA-seq, single-cell-RNA-seq) et DNA (ChIP-seq, ATAC-seq)
- Accompagner les chercheurs lors du retour des données de séquençage (génomique ou transcriptomique) pour l’aider à les prendre en main (accessibilité des formats de sortie de données) ;
- Conseiller et former les chercheurs à accéder aux données via des outils d’interrogation et de visualisation, en mettant en place des pipelines facilement utilisables par des biologistes (ex. Galaxy, Jupyter)
- Aide à l’interprétation des résultats ;
- Assurer un lien avec l’une des plateformes bio-informatique de l’Université de Paris en participant à son activité en lien avec les projets développés au PARCC. L’agent fera partie du réseau des bio-informaticien de l’Université. (iPOP-UP)
- Assurer et organiser la veille scientifique et technologique dans le domaine d'activité (séquençage NGS appliqué en génomique et transcriptomique globale et en cellule unique)
Encadrement : oui
Profil recherché
Profil recherché
Connaissances :
- Recueil, analyse et traitement des données NGS (connaissance approfondie, au moins un article publié décrivant ce type de données) ;
- Principes généraux en génétique humaine ou des populations, génomique du cancer, en biologie moléculaire, transcription des gènes. ;
- Connaissances en biostatistique appliquée aux données RNA-seq, constructions de réseaux, test d’enrichissement, réduction de dimensionnalité des données ;
- Informatique appliquée au NGS notamment RNA-seq (connaissance approfondie) ; Expérience en traitement de données RNA-seq cellule unique sera un plus ;
- Cadre légal et déontologique ;
- Environnement et réseaux professionnels ;
- Langue anglaise : B2 à C1 (cadre européen commun de référence pour les langues), poste ouvert aux non-francophones.
Savoir-faire - Compétences opérationnelles :
- Maîtrise des langages informatiques suivants : Unix, R, Python.
- Garantir la qualité et la pertinence des outils d'analyse à proposer et des résultats obtenus
- Concevoir des outils pédagogiques pour un public de biologistes avec niveaux variables de compétence en informatique et bio-informatique
Savoir-être – Compétences comportementales :
- Facilité de communiquer avec un public non expert en informatique
- Sens du relationnel,
- Capacité de gestion des priorités des tâches allouées
- Habilité à gérer et avancer plusieurs projets simultanément
Niveau de diplôme souhaité (le cas échéant) :
Niveau I - Bac+5, Master, diplôme d'ingénieurs ou diplôme équivalent et Bac+8 Doctorat ou diplôme équivalent
Localisation
Qui sommes-nous ?
Rejoindre Université Paris Cité
Ancrée au cœur de la capitale, Université Paris Cité figure parmi les établissements français et internationaux les plus prestigieux grâce à sa recherche de très haut niveau, ses formations supérieures d’excellence, son soutien à l’innovation et sa participation active à la construction de l’espace européen de la recherche et de la formation.
Labellisée Idex depuis mars 2018, Université Paris Cité s’appuie sur ses enseignants, ses chercheurs, ses enseignants-chercheurs, ses personnels administratifs et techniques, ses étudiants, pour développer des projets scientifiques à forte valeur ajoutée, et former les hommes et les femmes dont le monde de demain a besoin.
Des sciences exactes et expérimentales aux sciences humaines et sociales, en passant par la santé, Université Paris Cité a fait de l’interdisciplinarité un marqueur fort de son identité.
Elle compte aujourd’hui 64 000 étudiants, 7 500 personnels, 138 laboratoires, répartis au sein de ses trois grandes Facultés en Santé, Sciences et Société et Humanités et de l’institut de physique du globe de Paris.
Rejoindre Université Paris Cité, c’est faire le choix de l’exigence et de l’engagement au service de valeurs fortes ; celles du service public, de la rigueur scientifique et intellectuelle mais aussi de la curiosité et de l’ouverture aux autres et au monde.
Descriptif du service
Présentation de la direction/structure d’accueil du poste
Le PARCC se consacre à la recherche expérimentale axée sur les maladies humaines, notamment d’origine cardiovasculaire. Sa principale mission est de maintenir un environnement de recherche scientifique d’excellence à la fois fondamentale et appliquée de renommée internationale dans le domaine de la santé cardiovasculaire. Le PARCC héberge plusieurs équipes de recherches dont les objectifs sont de comprendre les origines et mécanismes moléculaires responsables du développement, des complications et conséquences des maladies affectant le système cardiaque et artériel dans l’ensemble de sa variabilité. Nous utilisons la génétique humaine, la génétique murine, et les cellules d’origine humaine et murine en cultures primaires et à partir de cellules souches pluripotente induites afin de disséquer les circuits moléculaires qui régissent les fonctions physiologiques du système cardiovasculaire. Le personnel du PARCC appartient essentiellement à l’INSERM et à Université Paris Cité. Les recherches menées au PARCC sont valorisées majoritairement sous forme de publications scientifiques pendant des congrès nationaux et internationaux, articles dans des journaux scientifiques et de brevets de recherche.
À propos de l'offre
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Conditions particulières d'exercice
L’agent sera basé au PARCC et rattaché scientifiquement à l’équipe « génétique pour comprendre les maladies artérielles » dirigée par N Bouatia-Naji. Cette équipe assurera un environnent d’interactions avec la chef d’équipe qui sera son référent scientifique ainsi que les autres membres du groupe biostatisticiens et bio-informaticiens de l’équipe. L’agent mettra en place un système de sollicitation pour intervenir dans les projets de l’ensemble des chercheurs du PARCC (au moins 11 des 13 équipes du centre), avec l’aide de son référent scientifique. L’agent sera également rattaché à l’une des plateformes bio-informatiques de l’Université afin d’assurer une continuité entre cette plateforme et le PARCC ou à travers le réseau de bio-informatique iPOP-UP récemment créé au sein d’Université Paris Cité. -
Vacant à partir du 01/07/2022
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Experte / Expert en biologie - SVT
