PhD in molecular modelling (H/F/NB)

Sujet de thèse :
Les membranes cellulaires servent d'interfaces dynamiques entre les compartiments, où convergent des réseaux de signalisation complexes, donnant lieu à des comportements émergents tels que l'amplification, la spécificité et la bistabilité des signaux. Malgré leur rôle fondamental en biologie, ces propriétés membranaires sont difficiles à prédire à partir de systèmes membranaires in vitro ou d'échantillons fixes in situ. Ce défi découle du fait que les membranes biologiques sont structurées à la fois de manière spatiale et, surtout, de manière temporelle. Les membranes peuvent être considérées comme des mosaïques de petits domaines, ou nanodomaines, chacun caractérisé par une composition biochimique distincte de lipides et de protéines. Il est important de noter que les lipides et les protéines ne sont pas statiques, ils diffusent sous l'effet de l'agitation thermique et peuvent être activement réorganisés par des processus cellulaires. Cette hétérogénéité dynamique résulte d'une interaction complexe entre les protéines et les lipides, régie par des principes thermodynamiques au niveau atomique. Déchiffrer comment ces interactions moléculaires façonnent la signalisation cellulaire reste un défi majeur en biologie et est au cœur du projet.
Le doctorant sera chargé des aspects de modélisation moléculaire des approches multi-échelles entreprises par le consortium.
Contexte :
L'Institut de Biologie Physico-Chimique, associé au CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique), une institution scientifique internationale de premier plan, offre un environnement exceptionnel aux scientifiques en début de carrière, avec une exposition internationale dynamique animée par des séminaires et réunions réguliers. Le Laboratoire de Biochimie Théorique (LBT) est reconnu internationalement pour le développement et l'application de méthodologies computationnelles visant à résoudre des problèmes pertinents sur le plan biologique. Ses membres sont actifs dans les domaines du docking, des simulations atomistiques et à gros grains abordant des problèmes tels que les interactions protéine/protéine et protéine/ADN, la dynamique et la fonction des protéines membranaires, le repliement et l'agrégation des protéines.
Le doctorat sera réalisé en étroite collaboration avec l’équipe de Yohann Boutte à Bordeaux.