Post-doc (H/F) en biologie moléculaire de l’ARN, criblage microfluidique et bioinformatique.

Missions :
Le potentiel thérapeutique de l'ARN messager (ARNm) est largement reconnu depuis le succès des vaccins à ARNm contre la Covid-19. Bien que cela résulte de décennies de recherches approfondies au niveau mondial, de nombreuses optimisations sont encore nécessaires pour adapter la traduction de ces ARNm aux types cellulaires d'intérêt. Dans le cadre d'une collaboration avec l'équipe de Chantal Pichon (Université d'Orléans), ce projet vise à exploiter le criblage microfluidique à ultrahaut débit pour optimiser l'ARNm à des fins thérapeutiques.
Des banques d'ARNm seront préparées par combinaison aléatoires de différentes régions 5' et 3'non traduites (UTR) identifiées en début de projet, dans le contexte de différentes topologies avec l’inclusion éventuelle de modifications chimiques. Ces banques seront ensuite criblées fonctionnellement à l'aide de la microfluidique en gouttelettes afin de rechercher les variants les plus performants. Brièvement, chaque variant d'ARNm sera synthétisé à partir d'une matrice d'ADN individualisée dans des gouttelettes d’eau dans l’huile avant d'être traduit in vitro dans ces gouttelettes en protéine rapportrice. Les gouttelettes présentant le phénotype d'intérêt seront ensuite triées, leur contenu en ADN sera récupéré et analysé par séquençage à haut débit afin de caractériser le résultat de chaque expérience de criblage. La bio-informatique sera enfin utilisée pour comparer les séquences enrichies dans chaque contexte expérimental (topologie, ajout de modifications chimiques, composition du milieu). Les constructions les plus prometteuses seront ensuite préparées et testées par notre collaborateur dans différents types de cellules pertinentes.
Activités :
- Préparation et validation de banques de gènes. La personne recrutée devra concevoir et préparer des banques d'ADN (qui seront transcrites en ARNm) à l'aide de méthodologies de pointe en biologie moléculaire.
- Adaptation et utilisation d'un pipeline de criblage par microfluidique en gouttelettes dédié à l'analyse de l'ARNm. La personne recrutée adaptera la procédure de criblage utilisée par l'équipe au criblage d'ARNm. Cela pourra nécessiter non seulement l'adaptation des conditions réactionnelles, mais aussi l'introduction de puces additionnelles, voire éventuellement le développement de nouveaux dispositifs microfluidiques.
- Préparation de banques pour le séquençage à haut débit. La personne recrutée convertira l'ADN récupéré à partir des gouttelettes en molécules compatibles avec le séquençage à haut débit en ajoutant des codes-barres, des adaptateurs de séquençage et en purifiant les banques obtenues afin d'obtenir une qualité compatible avec les technologies de séquençage.
- Analyse bioinformatique du contenu de séquences des banques ADN enrichies. En collaboration avec le bioinformaticien de l'équipe, la personne recrutée sera chargée d'analyser les données de séquençage à l'aide d'un pipeline
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