Post-doc (H/F) en biologie moléculaire de l’ARN viral

Missions :
Au cours de l'assemblage du VIH-1, deux copies d'ARN génomique non épissé sont sélectivement emballées dans des virions à partir d'un mélange complexe d'ARN cellulaires et viraux épissés. Cette spécificité est déterminée par des signaux d'empaquetage agissant en cis (Ψ) dans la région non traduite 5' (5'UTR) de l'ARN viral, qui sont reconnus par la polyprotéine Pr55Gag. Les signaux d'empaquetage sont non seulement essentiels à la réplication virale, mais aussi à la conception de vecteurs lentiviraux, largement utilisés dans la thérapie génique, le développement de vaccins et les criblages CRISPR à l'échelle du génome. Ils constituent également une cible thérapeutique prometteuse, car le fait d'interférer avec l'empaquetage du génome pourrait inhiber la propagation virale tout en réduisant le risque de résistance.

Ce projet axé sur l'ARN visait à élucider les réarrangements structurels au sein de la région 5'UTR du VIH-1 qui régulent les étapes clés du cycle de vie viral, notamment la liaison Pr55Gag, l'empaquetage du génome et la transcription inverse. Forts de l'expertise acquise par le laboratoire, nous allons mener une analyse structurelle in vitro de l'ARN de la région 5'UTR du VIH-1 dans des transcrits non épissés et épissés, en présence ou en l'absence de cofacteurs ARN. Ces résultats seront validés dans des modèles cellulaires et viraux, et une étude de validation de principe évaluera le potentiel du ciblage des structures ARN de la région 5′UTR pour une intervention thérapeutique. Le projet sera principalement mené dans le laboratoire Smyth, avec des tests biophysiques sélectionnés soutenus par des collaborations internes de haute qualité.
Activités :
- Préparation et validation de clones moléculaires et génération de banques de gènes par mutagenèse aléatoire. Les clones moléculaires et les banques seront utilisés à la fois pour la transcription in vitro et la transfection dans des lignées cellulaires humaines.
- Préparation de banques de séquençage pour le séquençage Illumina et Nanopore. Le candidat (H/F) retenu convertira l'ARN en molécules compatibles avec le séquençage à haut débit en ajoutant des codes-barres et des adaptateurs de séquençage, puis purifiera les banques obtenues afin d'obtenir une qualité compatible avec différentes technologies de séquençage.
- Analyse bioinformatique du contenu séquentiel des banques d'ADN enrichies. En collaboration avec des bioinformaticiens, Le candidat (H/F) sera chargé d'analyser les données de séquençage à l'aide de pipelines bioinformatiques existants.
- Biologie moléculaire in vitro. Le candidat (H/F) effectuera une analyse structurelle de l'ARN du génome du VIH-1 à l'aide de sondes chimiques et d'expériences biophysiques en présence de cofacteurs, tels que les ASO et les tRNAlys3.
- Virologie. Le candidat (H/F) mènera des expériences de virologie sur le VIH-1 à l'aide de virus VIH-1 défectueux en réplication, en utilisant
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