post-doc H/F Etude de la distribution de la variabilité génomique dans les populations de raton-laveurs

Missions :
L’objectif du post-doctorat est de quantifier et de comprendre les rôles relatifs de l’environnement, de l’histoire de colonisation et des pressions de sélection liées aux différentes phases de l’invasion sur la distribution de la variabilité génomique dans les populations de raton-laveurs (Procyon lotor) en France. Les invasions biologiques d’origine humaine sont l’une des quatre causes majeures d’érosion de la biodiversité. Comprendre les invasions biologiques pour mieux les contrôler est devenu critique pour pallier à la 6ème extinction de masse. Les outils utilisés sont multiples, depuis des données d’occurrence et d’évolution de l’aire de distribution dans les nouveaux environnements jusqu’à l’utilisation massive des données moléculaires pour la reconstruction phylogéographique des populations. Sur ce dernier point, par essence les populations invasives montrent une faible diversité liée à l’effet fondateur, en particulier lorsque la population d’origine est unique résultant en une introduction simple. Cette faible diversité rend plus difficile les études à fine échelle spatiale et la compréhension précise des mécanismes d’invasion lors des premières phases d’introduction et d’expansion. C’est pourquoi la biologie de la conservation et en particulier la biologie des invasions est entrée récemment dans l’ère de la génomique des populations. Ces aspects génomiques de l’invasion biologique offrent une puissance sans précédent pour reconstruire les dynamiques d’invasions mais aussi appréhender les aspects évolutifs de l’invasion, i.e. quels gènes sont sous sélection dans les différentes phases de l’invasion, quel est le potentiel adaptatif des espèces au regard du nouvel environnement …etc. Les avancées récentes en génomique associées au développement des systèmes d’information géographiques de plus en plus précis aboutissent à des données génomiques et environnementales de grande ampleur permettant de combiner la génomique des population, l’écologie du paysage, la modélisation de la distribution des espèces et des flux de gènes dans une discipline récente : la génomique du paysage de plus en plus utile pour comprendre les invasions biologiques.
Dans ce projet, il est proposé de mettre en place une approche de génomique du paysage sur les populations françaises de raton-laveurs (Procyon lotor). Le raton-laveur est présent en France depuis le milieu du XXème siècle et s’est installé à ce jour dans trois populations viables et en expansion (i.e. avec de la reproduction en nature et des aires de distribution continuant d’augmenter) : la population du Nord-Est de la France, la plus ancienne, bien installée, la population du Massif central, installée depuis le début des années 1990, et enfin, la population de Gironde, plus récente car datant du début des années 2010. La population de Gironde est suivie depuis les premières détections en nature et des échantillons couvrent temporellement e
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