Post-doctorant (H/F) en génomique évolutive

Missions :
Analyse transcriptomique chez le champignon Zymoseptoria tritici en réponse à des conditions environnementales stables et fluctuantes

Les organismes réagissent à leur environnement en ajustant l’expression de leurs gènes. Ce processus a lieu à deux échelles de temps radicalement différentes: au cours de la vie de l’individu, et à l’échelle évolutive, en conséquence de l’adaptation. Nous cherchons à comprendre comment ces deux processus interagissent, et comment la régulation des gènes contraint ou facilite la réponse à des environnements changeants. Notre espèce modèle est Zymoseptoria tritici, un champignon pathogène de plantes qui peut être cultivé de manière clonale en laboratoire. Une série d’évolutions expérimentales menées en 2024 et 2025 nous ont permis de montrer que l’adaptation à des nouvelles conditions de température (fraîches, chaudes, ou fluctuantes) et de nouvelles conditions d’élevage (milieu constant ou changeant) était rapide.

Dans le cadre de ce projet, la personne recrutée devra analyser les données moléculaires issues de cette expérience.
Activités :
L’objectif de ce projet post-doctoral est d’analyser les données d’expression (RNAseq) issues de ces expériences afin de déterminer les rôles de l’adaptation, de la plasticité, et des contraintes génétiques sur l’évolution du transcriptome. Parmi les questions à aborder, on peut lister (1) Comment des scénarios environnementaux complexes affectent l’évolution du transcriptome, (2) Comment les co-expressions initiales contraignent la réponse plastique et la réponse évolutive, ou (3) est-ce que la plasticité d’expression est une propriété générale d’un transcriptome, ou est-elle spécifique d’un ou plusieurs facteurs environnementaux?
Contexte de travail :
Ce projet de post-doctorat est intégré à un projet de 3 ans financé par l’Agence Nationale pour la Recherche (ANR). Le consortium scientifique est piloté par deux chercheurs titulaires (Arnaud Le Rouzic, CNRS, et Anne Genissel, INRAE), Le post-doctorant pourra interagir avec les deux porteurs du projet. Il/Elle sera administrativement basé(e) à l’EGCE (Institut Diversité, Écologie et Évolution du Vivant, IDEEV). Les deux instituts proposent un cadre scientifique attractif; ils sont localisés à 3 km l’un de l’autre sur le nouveau campus de recherche de Paris-Saclay, à environ 35 km au sud de Paris.