Post-doctorat (H/F) en métagénomique des communautés microbiennes digestives

Missions :
Le projet de post-doctorat s'inscrit dans le cadre d’un projet ANR qui étudie l’influence du microbiote digestif des détritivores sur la décomposition des litières de feuilles dans les écosystèmes d’eau douce (projet DIET https://shorturl.at/yqHet).
Le processus de dégradation de la litière végétale est central dans le cycle du carbone, et nous savons maintenant que les milieux d’eau douce y contribuent significativement à l’échelle globale. De nombreuses études d'écologie fonctionnelle se sont intéressées au rôle des détritivores (macro-invertébrés qui fragmentent les feuilles mortes) et à leurs capacités métaboliques de dégradation de la lignocellulose, car l’action de ces organismes décomposeurs permet le transfert du carbone et des nutriments contenus dans les feuilles vers les autres compartiments de l’écosystème. Cependant ces détritivores ont été considérés à l’échelle de “l’holobionte”, leur rôle intrinsèque n’a donc jamais été discriminé de celui de leur microbiote digestif, ce qui limite notre compréhension de ce processus écosystémique.
L’objectif de ce projet est donc d’évaluer l’influence du microbiote digestif des détritivores sur la décomposition de la litière végétale et sur les flux de carbone qui en découlent dans les milieux d’eau douce. Pour cela, la personne recrutée appliquera des approches de métagénomique et d’isotopie sur les communautés microbiennes digestives d’isopodes détritivores (modèle biologique utilisé depuis une quinzaine d’années dans l’équipe d’accueil), afin de déterminer si leur tube digestif est un bioréacteur du processus de dégradation.

La personne recrutée sera en charge de la caractérisation fonctionnelle du microbiote digestif des isopodes par approche métagénomique. La priorité sera d’identifier les fonctions de dégradation de la lignocellulose portées par les communautés digestives, sur plusieurs individus pour une dizaine d’espèces. Ces données permettront également de comparer les répertoires de gènes du microbiote entre individus et entre espèces, et ainsi d’estimer s’il existe un “core-répertoire” de gènes de dégradation dans ces communautés digestives.
La personne recrutée sera également en charge du développement d’une approche expérimentale de marquage isotopique de l’ADN (DNA-SIP) qui permettra d’identifier quelles espèces du microbiote digestif dégradent effectivement la lignocellulose, et si ces espèces clefs varient entre espèces de détritivores. Ces données permettront d’estimer le niveau de redondance fonctionnelle des communautés actives dans la dégradation des composés végétaux.
Pour mener à bien ses missions, la personne recrutée pourra s’appuyer sur la plateforme d'Écologie Moléculaire du laboratoire, ainsi que sur un ou une ingénieure bioinformatique recrutée sur le même projet ANR afin de soutenir la gestion et l’analyse des données de séquençage.
Activités :
- Acquisition des données de métagénomique (très certainem
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