Postdoc bioinformatique: nouvelles méthodes d'analyse d'ARN à grande échelle pour le cancer (H/F)

Missions :
Mettre en place et exploiter des outils permettant d'identifier, dans de grands jeux de données tumorales et de lignées cellulaires, des séquences d’ARN répondant à des critères d'expression spécifiques. Contribuer à la constitution de grands index de données RNA-seq cancer/normal qui seront utilisés par la communauté scientifique.
Activités :
Le chercheur postdoctoral mettra en place des protocoles de criblage de données RNA-seq pour identifier des signatures ARN induites par les mutations oncogéniques. Ces signatures seront ensuite utilisées pour identifier des échantillons porteurs de la même pathologie.
Les protocoles d'analyse RNA-seq utiliseront des méthodes par k-mer, sans référence.
Contexte de travail :
L'I2BC est un grand institut de biologie moléculaire et cellulaire situé à 25km de Paris (Gif sur Yvette), comprenant plusieurs équipes de biologie computationnelle, une plateforme bioinformatique et un centre de calcul performant. Notre équipe (Séquence, Structure et Fonction des ARN) est composée d'une dizaine de chercheurs, ingénieurs et doctorants, intéressés par les ARN non-codants ou mal codants, particulièrement dans le cancer. Le coeur de notre métier est le data mining dans les grandes bases de données RNA-seq. Nous collaborons avec des informaticiens spécialistes des structures de données et avec des biologistes moléculaires et des médecins oncologues. Avec ces partenaires, nous avons obtenu plusieurs financements pour utiliser des méthodes à base de k-mer afin de réaliser de vastes index de données RNA-seq de tissus cancéreux et normaux, et d'exploiter ces outils pour identifier des ARN spécifiques des tumeurs et des ARN de valeur pronostique ou diagnostique. Les postdoctorants recrutés travailleront pour ce projet.