Postdoctorant - Développement d'une méthode méta-pangénomique pour le suivi de l'antibiorésistance (H/F
Référence : UAR3601-ANILEF-018
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
- Localisation : 91057 EVRY CEDEX (France)
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
- Nature du contrat Non renseigné
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) entre 3081,33 euros et 4756,76 euros bruts mensuels selon expérience € brut/an
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Missions :
Développement d'une méthode méta-pangénomique permettant de déterminer l’abondance de souches d’espèces bactériennes d'intérêt ainsi que la présence d'éléments génétiques mobiles portant des gènes d’antibiorésistance.
Activités :
- Développer une méthode méta-pangénomique qui comprendra une étape d’alignement des lectures de séquençage sur des graphes de pangénome et de déconvolution pour quantifier les souches et identifier leurs régions génomiques variables
- Valider la méthode sur des jeux de données simulés et de référence
- Appliquer la méthode sur plusieurs projets métagénomiques pour étudier la dissémination de l’antibiorésistance.
- Assurer une veille technologique et scientifique
- Publication de la méthode et participation à son intégration dans la plateforme ABRomics
Contexte de travail :
Le projet ABRomics (financement PPR antibiorésistance) vise à développer une plateforme numérique pour collecter, analyser, organiser et rendre accessibles les données de (méta)génomique des maladies infectieuses bactériennes et leurs métadonnées pour la recherche et la surveillance de la résistance aux antibiotiques. Ce projet est porté par l'Institut Français de Bioinformatique (IFB ; france-bioinformatique.fr) et l’Institut Pasteur (IP ; www.pasteur.fr) et repose sur un réseau de chercheurs de 44 équipes comprenant des épidémiologistes, des microbiologistes cliniciens, des bioinformaticiens, des mathématiciens et la communauté de recherche au sens large. ABRomics fournira une infrastructure unique de stockage et d'analyse des données dont le développement est assuré par une équipe incluant des compétences en DevOps, développement de bases de données et de logiciels, gestion des données et analyse des données.
l'IFB recrute un post-doctorant chargé du développement de cette nouvelle méthode, de sa validation et de son application sur plusieurs jeux de données pour étudier la dissémination de l’antibiorésistance. La personne sera recrutée au sein de l’équipe LABGeM et travaillera en étroite collaboration avec un ingénieur chargé de la constitution de la ressource de pangénomes de référence ainsi qu’avec les parties prenantes de la plateforme ABRomics impliquées dans le Use Case 3. Pour davantage d’information voir ce lien : https://www.abromics.fr/use-case/meta-pan-genomics-for-tracking-amr/
La personne sera recrutée au sein de l’équipe LABGeM (Genoscope UMR8030, Evry) et sera en interaction avec des chercheurs INRAE (unités MetaGenopolis et MaIAGE, Jouy-en-Josas) spécialisés en métagénomique et pangénomique. Il/elle participera, sur site et en visioconférence, aux groupes de travail de l'IFB et du projet ABRomics pertinents pour sa mission. Le travail nécessitera des déplacements occasionnels en France et/ou à l'étranger pour participer à des réunions, des formations ou des événements scientifiques.
Profil recherché
Competences :
Expérience
- Doctorat en bioinformatique avec une composante développement méthodologique pour l’analyse de données massives
Connaissances
- Sur les algorithmes de graphes et méthodes de classification non supervisées
- En (méta)génomique et dans les analyses bioinformatiques associées
- En microbiologie (souhaitées)
Compétences opérationnelles
- Maîtrise de plusieurs langages de programmation dont Python
- Gestion de projets logiciels
- Utilisation de clusters de calcul sous l’environnement Linux
Compétences comportementales
- Capacité à travailler en équipe en présentiel et à distance
- Bonne capacité de communication orale et écrite en anglais
- Autonomie, rigueur, intégrité
- Être force de proposition
Contraintes et risques :
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents
- Spécialisation Formations générales
Langues
- Français Seuil
Qui sommes-nous ?
Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.
C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.
Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.
Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
À propos de l'offre
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
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Vacant
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Chercheuse / Chercheur
