Postdoctorat en deep learning et modèles de langage sur ADN pour la bioinformatique (H/F)

Missions :
Ce projet développe un nouveau paradigme de modèles d’Interprétation Générale du Génome (GenGI) en combinant des modèles de langage ADN (DLLMs) avec des réseaux de neurones profonds afin de prédire des phénotypes humains directement à partir de données de séquençage d’exome complet issues de la UK Biobank. L’objectif est la prédiction à large spectre de phénotypes humains, ouvrant de nouvelles perspectives en génétique clinique, médecine de précision, prédiction du risque de maladie et IA explicable appliquée aux données génomiques.
Activités :
La personne devra :
– Se familiariser avec les recherches et méthodes existantes en interprétation du génome
– Se familiariser avec les données de séquençage et leur prétraitement
– Étudier le fonctionnement des modèles de langage ADN et développer des solutions pour les intégrer aux architectures de réseaux de neurones du laboratoire
– Développer des solutions pour améliorer la scalabilité des réseaux de neurones et des grands modèles de langage aux données de séquençage du génome entier
– Développer des algorithmes et architectures pour la prédiction de sorties structurées (arbres, graphes)
– Mettre en œuvre des méthodes d’interprétation des prédictions des réseaux de neurones, incluant des activations basées sur des concepts et des analyses contrefactuelles

Contexte de travail :
La candidate ou le candidat rejoindra la nouvelle équipe de recherche en IA dirigée par Daniele Raimondi au sein de l’Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier (IGMM, UMR5535 CNRS/Université de Montpellier) pour une durée de 12 mois, renouvelable sous certaines conditions pour jusqu’à 36 mois supplémentaires si les résultats permettent d’obtenir des financements complémentaires.
Le poste est basé à l’IGMM (www.igmm.cnrs.fr), dans un environnement de recherche hautement international et interdisciplinaire. Montpellier est une ville méditerranéenne dynamique, offrant un cadre de vie agréable, une riche culture et un environnement scientifique exceptionnel. La ville accueille de nombreux instituts de recherche de haut niveau ainsi que l’Université de Montpellier, forte de 70 000 étudiants et abritant l’une des plus anciennes facultés de médecine au monde.
L’institut rassemble plus de 200 personnes (chercheurs, ingénieurs, techniciens et étudiants), organisées en 18 équipes de recherche, et bénéficie de services communs mutualisés, ainsi que de plateformes technologiques et scientifiques performantes.
L'agent travaillera au sein du groupe AI4GI, dirigé par le Dr Daniele Raimondi. Le groupe développe des méthodes avancées d’intelligence artificielle et d’apprentissage automatique pour l’interprétation du génome, avec un accent particulier sur la modélisation des relations entre variation génétique et phénotypes.
AI4GI développe des architectures de réseaux de neurones sur mesure, incluant des modèles parcimonieux et biologiquement informés, afin de prédir
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