Postdoctorat (H/F) en Métabolomique Experimentale et Computationelle
Référence : UMR7272-LOUNOT-002
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
- Localisation : 06108 NICE (France)
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
- Nature du contrat Non renseigné
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) 3021 euros et 4665 euros en fonction de l’expérience € brut/an
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Missions :
Le projet ANR POPS (ANR-24-CE44-1190) vise à élucider les mécanismes fondamentaux reliant le métabolisme des polyamines à la virulence bactérienne, en s’appuyant sur des approches expérimentales et computationnelles multi-omiques.
Dans ce cadre, l’HolobiomicsLab, dirigé par le Dr Louis-Félix Nothias à l’Institut de Chimie de Nice (ICN), développera des méthodes avancées de métabolomique afin de comprendre comment les polyamines influencent la physiologie de Staphylococcus aureus. Ce travail sera mené en étroite collaboration avec les autres partenaires du projet.
Le chercheur postdoctoral (H/F) recruté travaillera sur le développement et l’application de nouvelles méthodes analytiques en spectrométrie de masse métabolomique, avec pour objectif d’améliorer l’annotation des métabolites et l’exploitation des données multi-omiques.
Cela impliquera la mise en place et l’optimisation de protocoles analytiques avancés, combinant spectrométrie de masse haute résolution multi-niveaux et chromatographie liquide, afin d’améliorer la détection et l’annotation des métabolites issus de cultures de micro-organismes.
L’accent sera mis sur l’évaluation de stratégies analytiques innovantes, incluant :
• Préparation semi-automatisée des échantillons pour améliorer la reproductibilité et la sensibilité des analyses.
• Développement de méthodes chromatographiques en ligne de pré-enrichissement, afin d’augmenter la détection de certaines classes de métabolites.
• Optimisation des séparations chromatographiques
Ces méthodes permettront d’élargir la couverture métabolomique et d’améliorer la caractérisation des composés d’intérêt.
Le postdoctorant (H/F) sera également en charge du traitement, de l’annotation et de l’interprétation des données métabolomiques, ainsi que de leur intégration avec les analyses protéomiques et transcriptomiques, afin de caractériser la réponse de Staphylococcus aureus aux polyamines.
Ce travail s’effectuera en synergie avec le projet franco-suisse MetaboLinkAI, qui développe une intelligence artificielle dédiée à l’analyse des données métabolomiques.
Ce poste offre un environnement de recherche de haut niveau, avec un accès à des infrastructures de pointe, et une interaction directe avec des chercheurs en spectrométrie de masse, chimie analytique, microbiologie et intelligence artificielle.
Activités :
1. Développement méthodologique en métabolomique analytique
• Concevoir et mettre en place des protocoles semi-automatisés d’extraction et de pré-traitement des échantillons issus de cultures de micro-organismes afin d’améliorer la reproductibilité et la sensibilité analytique.
• Développer et optimiser des protocoles chromatographiques avancés pour une meilleure séparation et couverture métabolomique, en intégrant :
• Chromatographie d’exclusion stérique (SEC)
• Chromatographie mixte de polarité (MMPC)
• Chromatographie en phase inverse (RP-LC)
• Développer des mé
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Profil recherché
Competences :
Compétences techniques
• Doctorat en chimie analytique, métabolomique, protéomique ou en sciences analytiques appliquées à la biologie.
• Expertise en développement et optimisation de méthodes chromatographiques (SEC, MMPC, RP-LC).
• Expertise en spectrométrie de masse haute résolution appliquée à l’analyse des métabolites microbiens.
• Expérience souhaitée en optimisation de protocoles analytiques et/ou automatisation des méthodes d’extraction.
• Capacité à intégrer les données métabolomiques avec les analyses protéomiques et transcriptomiques pour une approche multi-omique.
• Une maîtrise de Python ou R pour le traitement et l’analyse de données est un atout.
Compétences transversales
• Capacité à travailler en équipe interdisciplinaire (chimistes analytiques, bioinformaticiens, microbiologistes).
• Excellentes compétences en rédaction scientifique et communication (publications, conférences).
• Autonomie et force de proposition dans le développement et l’optimisation des méthodes analytiques.
• Bonne maîtrise de l’anglais scientifique (écrit et oral).
Contraintes et risques :
• Travail sur des protocoles analytiques complexes : Le/la postdoctorant (H/F) développera et optimisera des méthodes avancées en spectrométrie de masse et chromatographie, nécessitant une grande rigueur expérimentale, une gestion précise des paramètres analytiques et une capacité à résoudre rapidement des problèmes techniques.
• Exposition aux risques chimiques : L’utilisation de solvants organiques (méthanol, acétonitrile, acide formique, etc.) et de réactifs chimiques pour la préparation des échantillons et les analyses chromatographiques impose une manipulation conforme aux normes de sécurité en laboratoire. L’application stricte des protocoles de gestion des produits chimiques et le port des équipements de protection individuelle (EPI) seront obligatoires.
• Manipulation d’échantillons microbiens : Les analyses porteront sur des cultures de Staphylococcus aureus et d’autres micro-organismes, nécessitant le respect strict des règles de biosécurité et des manipulations en conditions contrôlées pour éviter les contaminations croisées et minimiser les risques d’exposition.
• Respect des échéances et gestion de projet : Le projet ANR POPS étant structuré en plusieurs work packages avec des livrables précis, le/la postdoctorant(e) devra gérer efficacement son temps, assurer un suivi rigoureux des résultats et travailler en coordination avec les autres partenaires du projet.
• Possibilité de déplacements : Des déplacements ponctuels en France et en Europe seront à prévoir pour des réunions de projet, des collaborations et des conférences scientifiques.
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents
- Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie)
Langues
- Français Seuil
Qui sommes-nous ?
Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.
C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.
Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.
Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
À propos de l'offre
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
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Vacant
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Experte / Expert en expérimentation, instrumentation et techniques biologiques
