Université Lyon 1 - Ingénieur de recherche (H/F)

Principales missions :

La mission principale est de développer un portail front-end performant permettant d'explorer les interactions entre les virus, les hôtes et l'environnement à l'échelle mondiale. Ce site web s'appuiera sur des données stockées dans des archives et servira de cadre pour améliorer notre compréhension de la transmission virale entre les humains, les animaux et leur diffusion dans l'environnement. Cette plateforme en libre accès sera précieuse pour la communauté scientifique, qui pourra ainsi identifier les organismes hôtes ou les échantillons biologiques environnementaux abritant de nouvelles signatures viromiques. Elle complète, et à grande échelle, améliorera nos systèmes de préparation et de surveillance afin de prévenir la prochaine épidémie potentielle en identifiant les règles et les modèles biogéographiques mondiaux impliqués dans l'évolution et l'adaptation de la virosphère, en particulier dans le contexte du changement environnemental mondial.

Activités principales :

L'activité principale consistera à développer un site web permettant d'explorer les facteurs moléculaires, écologiques et biogéographiques complexes responsables des futurs débordements zoonotiques, c'est-à-dire la transmission de virus animaux à des individus humains , ou leur retour , c'est à dire la transmission de virus humains à des animaux ou dans l'environnement. Cette exploration visuelle s'appuie sur un catalogue complet des associations virus/hôtes, présentes dans les populations humaines et animales, ainsi que sur une annotation de leur distribution géospatiale et temporelle. Le candidat bénéficiera du soutien technique et de l'expertise de trois ingénieurs de recherche hautement qualifiés en bio-informatique et en géomatique, dans le but d'intégrer et d'annoter la qualité des données biogéographiques et de séquençage ainsi que les métadonnées stockées dans le lac de données virome@tlas. Une partie du spectre des hôtes du virus reste peu étudiée, ce qui empêche d'avoir une vision intégrée et interconnectée de la santé mondiale. En conséquence, seul un nombre limité d'associations virus/hôte sont décrites dans les bases de données publiques, et la majorité d'entre elles sont biaisées en faveur des virus humains et/ou des virus causant des maladies. De plus, l'influence de l'environnement biophysique et de ses changements contemporains sur ces associations virus-hôte reste inconnue. L'ingénieur intégrera le cadre de visualisation existant développé par notre équipe avec une carte géographique afin d'aider notre équipe à mettre en évidence les relations virus/hôte/environnement encore inconnues et à annoter les nouveaux événements potentiels de spillover/spillback à partir de l'exploitation de millions d'échantillons biologiques SRA et des milliards d'attribution taxonomiques SRA-STAT associées déjà stockées dans notre lac de données Virome@tlas.