1 postdoc en conception de protéines assistée par IA (H/F)
Référence : UMR3528-MASBON-005
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
- Localisation : 75724 PARIS 15 (France)
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
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Nature du contrat
CDD de 2 ans
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels Le salaire brut mensuel est comprise entre 3 131,32€ et 4 341,70€ bruts mensuels selon expérience € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Missions :
Un poste de chercheur postdoctoral (H/F) est ouvert pour une durée de deux ans au sein de l'unité « Biologie Structurale Computationnelle », dirigée par le Dr Max Bonomi. Cette unité fait partie de l'UMR3528 CNRS et du Département de Biologie Structurale et Chimie de l'Institut Pasteur (Paris, France).
La personne recrutée aura pour mission principale de développer et d'appliquer des méthodes de pointe fondées sur l'intelligence artificielle pour la conception de protéines (protein design). Ces travaux seront menés en étroite collaboration avec des équipes expérimentales de l'Institut Pasteur ainsi que d'autres institutions de recherche, afin de répondre à des questions biologiques et de concevoir des protéines aux propriétés et fonctions spécifiques.
La personne recrutée sera également chargée de coordonner les collaborations scientifiques associées aux projets, de contribuer à l'analyse et à l'interprétation des résultats, ainsi qu'à leur valorisation sous forme de publications scientifiques et de présentations lors de conférences internationales. Elle participera activement à la vie scientifique de l'unité et au développement de nouvelles approches méthodologiques dans le domaine de la biologie structurale computationnelle.
Activités :
- Développer, adapter et mettre en œuvre des méthodes de pointe basées sur l'intelligence artificielle pour la conception de protéines, notamment à l'aide de modèles génératifs, de modèles de diffusion et de modèles de langage protéique.
- Concevoir et optimiser des protéines présentant des structures, des propriétés ou des fonctions spécifiques, en fonction des objectifs scientifiques des projets.
- Mettre en place des pipelines computationnels intégrant la génération de séquences, la prédiction de structures et l'évaluation in silico des protéines conçues.
- Analyser et interpréter les résultats des simulations et des prédictions, et proposer des stratégies pour améliorer les performances des méthodes utilisées.
- Travailler en étroite collaboration avec les équipes expérimentales pour définir les objectifs de conception, sélectionner les candidats à tester et intégrer les résultats expérimentaux dans des cycles itératifs d'optimisation.
- Assurer la coordination scientifique et le suivi des projets collaboratifs avec les équipes de l'Institut Pasteur et d'autres institutions partenaires.
- Contribuer au développement, à la documentation et au partage des outils informatiques et des codes développés au sein de l'unité.
- Présenter les résultats lors de réunions scientifiques, de séminaires et de conférences internationales, et participer à la rédaction d'articles scientifiques.
- Participer à la vie scientifique de l'unité et contribuer à l'encadrement ponctuel d'étudiants et de stagiaires.
Contexte de travail :
L'unité « Biologie Structurale Computationnelle », dirigée par le Dr Max Bonomi, fait partie de l'UMR3528 CNRS et du Département de B
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr...
Profil recherché
Competences :
Nous recherchons des candidats titulaires d'un doctorat en biologie computationnelle, bioinformatique, biophysique, chimie, physique ou dans une discipline connexe.
Compétences essentielles :
- Solides connaissances en biologie structurale, biophysique ou modélisation moléculaire des protéines.
- Bonnes compétences en programmation, notamment en Python.
- Expérience dans le développement ou l'application de méthodes computationnelles pour l'étude des systèmes biomoléculaires.
- Expérience avec les outils de prédiction structurale et de conception de protéines (AlphaFold, RFdiffusion, ProteinMPNN, etc.).
- Capacité à travailler de manière autonome, à proposer des solutions innovantes et à mener des projets de recherche.
- Aptitude à travailler en équipe et à collaborer avec des chercheurs issus de différentes disciplines, notamment avec des équipes expérimentales.
- Bonnes compétences en communication scientifique, à l'écrit comme à l'oral, en anglais.
Compétences appréciées :
- Expérience en apprentissage automatique (machine learning) et en apprentissage profond (deep learning), notamment avec des frameworks tels que PyTorch.
- Connaissance des modèles génératifs pour les protéines, notamment des modèles de diffusion et des modèles de langage protéique.
- Expérience dans l'utilisation de ressources de calcul haute performance (HPC) et de GPU.
- Expérience dans la conduite de projets interdisciplinaires en collaboration avec des équipes expérimentales.
Contraintes et risques :
Pour toute question, veuillez contacter Dr Max Bonomi (mbonomi@pasteur.fr).
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents
- Spécialisation Formations générales
Langues
- Français Seuil
Qui sommes-nous ?
Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.
C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.
Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.
Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
À propos de l'offre
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
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Vacant
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Chercheuse / Chercheur
