Apprenti(e) Concepteur / Développeur informatique appliqué à la bioinformatique F/H
Référence : APHP_2026-22287
- Fonction publique : Fonction publique Hospitalière
- Employeur : Siège de l'AP-HP
- Localisation : Paris (75), France
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- Nature du contrat Non renseigné
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels Non renseignée Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Non renseigné
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
L’apprenti(e) participera à :
• La conception, au développement et à l’évolution de pipelines d’analyse bioinformatique ;
• L’intégration, l’automatisation et l’orchestration d’outils de traitement de données génomiques et transcriptomiques ;
• La mise en œuvre et l’évaluation de nouvelles méthodes d’analyse de variants génétiques et de données omiques ;
• L’exploitation et l’interprétation technique de données issues de technologies variées : DNA-seq, RNA-seq, long reads, transcriptomique et autres jeux de données omiques ;
• La structuration, la fiabilisation et la reproductibilité des traitements informatiques ;
• Le développement de scripts, modules et outils facilitant le contrôle qualité, le post-traitement,
• L’agrégation et la restitution de résultats ;
• La documentation technique des développements réalisés ;
• La veille technologique et méthodologique sur les outils et approches d’analyse en bioinformatique ;
• La participation aux échanges avec les utilisateurs / biologistes / bioinformaticiens pour adapter les développements aux besoins des projets.
Les travaux pourront porter sur :
• Le développement de workflows reproductibles pour l’analyse de données de séquençage ;
• L’évaluation comparative d’outils et de stratégies d’analyse ;
• L’amélioration des performances, de la robustesse et de la traçabilité des pipelines ;
• Le traitement et l’exploitation de données omiques issues de cohortes ou d’activités cliniques ;
• La standardisation des sorties d’analyse et des indicateurs qualité ;
• La contribution à des projets en lien avec les maladies rares, l’oncologie ou d’autres applications de génomique clinique et translationnelle.
Profil recherché
Diplôme : Étudiant(e) en Master bioinformatique, informatique, data science, génomique computationnelle ou domaine proche, recherchant un contrat d’apprentissage.
Niveau d’étude : Préparant un master
Niveau d’expérience :
Pré-licence ou licence dans un domaine connexe (Bio-informatique, data science, génomique computationnel)
Compétences :
•Bon niveau en programmation, en particulier Python ;
•Connaissance de l’environnement Linux / shell ;
•Intérêt pour l’automatisation de traitements et les workflows ;
•Appétence pour la gestion de données volumineuses ;
•Intérêt pour la bioinformatique, la génomique et l’exploitation de données cliniques et biologiques ;
•La connaissance d’outils ou concepts de type Git, Docker/containers, workflow managers, formats de données de séquençage constitue un plus.
Prérequis :
•Bon niveau en programmation, en particulier Python ;
•Connaissance de l’environnement Linux / shell ;
Savoir-faire et savoir être :
•Rigueur et sens de l’organisation ;
•Capacité d’analyse et de résolution de problèmes ;
•Goût pour le développement et l’amélioration continue ;
•Capacité à documenter son travail ;
•Anglais niveau professionnel ;
•Aptitude à travailler en équipe pluridisciplinaire.
À propos de l'offre
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Développeuse / Développeur
