Biodiversité et traits écologiques des coléoptères mycophages des vignobles (H/F)

Sujet de thèse :
Les coléoptères mycophages, consommateurs de champignons présents dans les sols ou sur la végétation, représentent un groupe fonctionnel sous-étudié mais dont le rôle dans le fonctionnement écologique des vignobles demeure inconnu. Des résultats préalables, ont mis en évidence une faune importante de ces insectes mycophages dans les vignes du Centre Val-de-Loire. Des analyses moléculaires exploratoires du compartiment interne de quelques individus ont révélé une importante diversité de taxons en champignons. Parmi eux, différents pathogènes de la vigne ont été identifiés, dont des champignons liés aux maladies du bois (e.g. esca, black-rot) et ceux responsables des moisissures de la grappe. Ces premiers résultats suggèrent que ces insectes pourraient jouer un rôle significatif dans les dynamiques microbiologiques, la santé des sols, et l’équilibre écologique des vignobles.
L’objectif de cette thèse sera donc (1) de déterminer la diversité taxonomique des coléoptères mycophages dans les vignobles et la composition de leur alimentation, (2) d’analyser les flux trophiques en laboratoire et (3) d’explorer leurs rôle et fonctions écologiques dans les systèmes viticoles. Pour cela, des campagnes de collecte de ces insectes seront organisées dans le réseau de parcelles DEPHY/BSV de l’Indre et Loire (37), en collaboration avec l’Institut Français du Vin. Puis, leur régime alimentaire sera investigué au laboratoire, par l’analyse de leurs contenus intestinaux via l’utilisation de techniques d’analyses moléculaires à haut débit (metabarcode) et par des méthodes de traçage des flux de matière organique. Ceci permettra de mieux comprendre leurs interactions avec les champignons pathogènes et de définir leur rôle écologique dans les vignes. Le lien avec les pressions en maladie, les pratiques agricoles (travail du sol, mode de production) et les composantes paysagères pourront alors être étudiés.
Dans son ensemble, cette thèse permettra d’explorer si cette diversité de coléoptères mycophages est plutôt négative ou positive pour la santé des vignes. S’agit-il d’inoculum et de vecteurs de maladies ou, au contraire, de régulateurs avec une fonction de bio-indication avant apparition des symptômes des maladies de la vigne ? Les résultats alimenteront des réflexions et des pistes d’études complémentaires afin d’élaborer des outils de gestion dans un enjeu de durabilité des vignobles.

Contexte :
Le doctorant sera basé à l'Institut de recherche en biologie des insectes (IRBI), UMR 7261 CNRS - Université de Tours (France) et intégrera l’équipe ESORE (Évolution Sociale et Réponses à l’Environnement) de l’IRBI. L’étudiant bénéficiera aussi des infrastructures et expertises de l’UAR METIS et du BBV.
La thèse sera encadrée par quatre personnes ayant des compétences complémentaires :
Marlène Goubault (HDR) : co-directrice , experte en écologie comportementale – IRBI
Arnaud Lanoue (HDR) : co-directe
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