Bioinformaticien.ne pour l'analyse de données omiques multi espèces H/F
Référence : 2024-1648685
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
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Employeur :
Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement (INRAE)
L'Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (INRAE) est un établissement public de recherche de 12 000 personnes, avec 268 unités implantées dans 18 centr... - Localisation : INRAE - 24, CHEMIN DE BORDE-ROUGE - 31326 CASTANET-TOLOSAN cedex
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
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Nature du contrat
CDD de 2 ans
- Expérience souhaitée Débutant
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Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) A partir de 2240 € brut/mois € brut/an
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non
- Télétravail possible Oui
Vos missions en quelques mots
Dans un premier temps vous contribuerez au projet Européen GEroNIMO (H2020, https://www.geronimo-h2020.eu/), ayant notamment pour but d’intégrer l’information épigénétique aux schémas de sélection chez les monogastriques (porcs et volaille), dans le cadre de l’évolution des systèmes d’élevage vers un modèle plus durable. Pour ce projet vous réaliserez un benchmarking d’outils existants pour analyser les données épigénomiques issues de séquençage RRBS (Reduced Representation Bisulfite Sequencing) produites sur porc, poule et caille, avec l’objectif d’en extraire les informations de taux de méthylation et de variants génétiques. Ce travail aboutira au développement d’un pipeline d’analyse permettant l’obtention d’information génétique et épigénétique de haute qualité à partir de séquençage RRBS. Ce pipeline d’analyse sera, à terme, utilisé par tous les membres du projet GEroNIMO et des points réguliers seront réalisés avec le groupe de travail international chargé de cette tâche dans le consortium.
Dans un second temps vous joindrez le projet FeedSeq, visant à caractériser les mécanismes biologiques en lien avec l'efficacité alimentaire. Ce caractère est particulièrement d'intérêt dans le contexte actuel d'évolution de la production animale vers des pratiques plus durables puisqu’il permettrait à terme de limiter la production de ressources nécessaires à l’alimentation animale et les déchets qu’ils produisent. Dans ce cadre vous contribuerez à l’analyse de données omiques multiples : génomiques, épigénomiques et transcriptomiques obtenues dans l’espèce porcine. Puis, en lien avec les chercheurs du projet vous contribuerez à leur intégration au sein de l’espèce porcine puis au travers d’autres espèces afin d’affiner et décortiquer les mécanismes moléculaires impliqués dans la variabilité de ce caractère agronomique important dans différentes espèces.
Profil recherché
Diplôme minimum requis : Master/Ingénieur (Bac+5)
Formation recommandée : niveau Master 2 en bioinformatique
Aptitudes recherchées :
- Connaissance des outils de gestion de workflow (nextflow)
- Connaissance des outils de versionning (github)
- Connaissance des données omiques (génomique, épigénomique, transcriptomique)
- Capacité à réaliser une analyse bibliographique des outils informatiques
- Capacité à communiquer en anglais dans le cadre d’un groupe de travail
- Rigueur, autonomie, organisation, goût pour le travail en équipe
- Intérêt pour le développement de pipelines d’analyse
- Intérêt pour l’épigénétique, la génétique et l’intégration des données
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
- Spécialisation Sciences de la vie, Informatique, traitement de l'information, réseau de transmission des données
Compétences attendues
Aptitudes recherchées :
- Connaissance des outils de gestion de workflow (nextflow)
- Connaissance des outils de versionning (github)
- Connaissance des données omiques (génomique, épigénomique, transcriptomique)
- Capacité à réaliser une analyse bibliographique des outils informatiques
- Capacité à communiquer en anglais dans le cadre d'un groupe de travail
- Rigueur, autonomie, organisation, goût pour le travail en équipe
- Intérêt pour le développement de pipelines d'analyse
- Intérêt pour l'épigénétique, la génétique et l'intégration des données
Langues
- Anglais Introductif
Éléments de candidature
Documents à transmettre
Personnes à contacter
- sonia.eynard@inrae.fr
- julie.demars@inrae.fr
Qui sommes-nous ?
NOTRE AMBITION : AGIR POUR LA VIE, L’HUMAIN, LA TERRE
Premier organisme de recherche spécialisé au monde en agriculture, alimentation et environnement, INRAE est né le 1er janvier 2020 de de la fusion entre l’INRA et IRSTEA. Nous sommes une communauté de travail de 12 000 personnes, avec plus de 200 unités de recherche et une quarantaine d’unités expérimentales implantées dans 18 centres sur toute la France.
Notre Mission ?
Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources.
Pour répondre à ces grands enjeux mondiaux, nous avons besoin de renfort dans nos équipes. Des métiers de la recherche aux métiers de l’appui, l’INRAE recrute à tout niveau de diplôme (du CAP/BEP à Bac+8) !
Rejoignez une communauté engagée et agissez pour l’intérêt général !
Descriptif du service
Vous rejoindrez l’équipe GENESIS (Mécanismes génétiques et épigénétiques de la genèse des phénotypes) du laboratoire GenPhySE d'INRAE (UMR 1388), qui a pour thématique majeure la caractérisation des causes moléculaires de la variabilité des caractères chez les animaux domestiques. L'équipe est constituée de 8 chercheurs et 6 ingénieurs et techniciens, et accueille des stagiaires, doctorants et post-doctorants (4 thèses et 2 post-docs en cours).
À propos de l'offre
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Possibilité de télétravailler 2 jours par semaine.
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Vacant à partir du 01/10/2024
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Experte / Expert en calcul scientifique
