CDD - Ingénieur de Recherche – Santé des sols

Les travaux seront réalisés au sein de l’équipe BIOCOM de l’UMR Agroécologie de l’INRAE de Dijon (https://www6.dijon.inra.fr/umragroecologie). L’équipe BIOCOM se compose actuellement de 7 chercheurs permanents, 2 personnels techniques et de 5 scientifiques non permanents (2 Post-doc, 2 Ingénieurs d’étude et 1 Assistant Ingénieur). Le projet de recherche de l’équipe BIOCOM s’inscrit dans le champ disciplinaire de l’écologie microbienne et plus particulièrement dans la compréhension de l’écologie des communautés microbiennes et de leur rôle dans le fonctionnement biologique des sols, principalement au sein des milieux agricoles.Le présent contrat s'inscrit dans une étude menée conjointement par l’INRAE et l’ANSES, pleinement en lien avec les problématiques actuelles soulevées par le concept One-Health : les aspergilloses multi-résistantes aux composés azolés. Ces dernières décennies, on note en effet une augmentation généralisée de l’incidence de ces résistances dans de nombreux pays, tout particulièrement en Europe. Le développement de ces résistances est le résultat de l'utilisation de produits fongicides de la famille des azoles, d'une part, dans le domaine médical, et, d'autre part, dans celui de la lutte contre des champignons pathogènes des plantes cultivés et dans celui de la protection du bois. D’un point de vue santé publique, ces résistances peuvent conduire à des syndromes pulmonaires, des troubles allergiques, voire à des aspergilloses pulmonaires angio-invasive aiguës et chroniques ou bronchopulmonaires chroniques avec une morbidité et une mortalité élevée.Le présent projet propose d’améliorer nos connaissances sur la présence de populations résistantes d’Aspergillus fumigatus dans les sols agricoles ; afin d’évaluer leur potentiel rôle de réservoir dans ces maladies respiratoires émergentes.Les missions liées au présent poste se déclinent en trois points :Effectuer un screening bio-informatique des populations d’Aspergilus fumigatus dans des jeux de données déjà disponibles (métabarcoding et métagénomique de communautés microbiennes de sols agricoles à des échelles nationales et territoriales) ;Compléter ce streaming bio-informatique par un screening moléculaire (qPCR) de ces populations et de leur résistance dans des échantillons de sols issus de réseaux de surveillance nationaux et territoriaux ;Construire, en fonction des résultats du screening, ainsi qu’à dire d’experts, un plan d’échantillonnage permettant une description plus précise de la dispersion du champignon et de ses souches résistantes dans l’environnement.Ces différentes phases seront à développer en collaboration avec les chercheurs, ingénieurs et techniciens de l’équipe et d’un comité de pilotage associant vétérinaires, médecins, experts de l’anses et écologues.