CDD Doctorant Tropisme tissulaire de Staphylococcus aureus dans les sepsis (H/F)
Référence : UMR9198-PHIBOU-004
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
- Localisation : 91198 GIF SUR YVETTE (France)
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
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Nature du contrat
CDD de 3 ans
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels La rémunération est d'un minimum de 2300,00 € mensuel € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Sujet de thèse :
Staphylococcus aureus est responsable d’environ 25 % des infections nosocomiales en France et représente la première cause de décès par infection nosocomiale, avec une mortalité pouvant atteindre 40 % en cas de complications multi-organes (sepsis sévères, endocardites)(apmnews ; Deniau et al., 2020).. Pourtant, les mécanismes moléculaires sous-tendant sa prédilection pour certains tissus (foie, poumons, reins, endocarde) restent mal élucidés, ce qui limite le développement de thérapies ciblées.
Le projet vise à :
1. Identifier des signatures omiques (génétiques, épitranscriptomiques, protéomiques) associées au tropisme tissulaire, via l’analyse initiale de 300 isolats cliniques issus de patients avec différentes pathologies.
2. Valider ces mécanismes dans des modèles murins d’infection systémique afin de confirmer leur pertinence in vivo.
3. Corréler les profils moléculaires avec la sévérité clinique pour proposer des biomarqueurs pronostiques et des cibles thérapeutiques innovantes.
Contexte :
Le/la doctorant(e) sera intégré(e) au sein de l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), une unité mixte de recherche (UMR 9198) sous la tutelle du CNRS, de l’Université Paris-Saclay et du CEA. L’I2BC est un environnement scientifique dynamique, dédié à l’étude des mécanismes cellulaires et moléculaires.
Le projet est porté par l’IHU PROMETHEUS et en collaboration avec plusieurs partenaires académiques et cliniques. Ce projet s’inscrit dans une approche translationnelle, combinant des analyses omiques (génomique, épitranscriptomique, protéomique) et des modèles expérimentaux pour identifier de nouveaux biomarqueurs et cibles thérapeutiques.
Le/la doctorant(e) sera encadré(e) par une équipe experte en génomique bactérienne et biologie moléculaire.
- Ressources : Accès à des plateformes technologiques de pointe (séquençage haut débit, spectrométrie de masse) et à des bases de données cliniques.
- Collaborations : Le projet implique des partenariats avec des centres hospitaliers (pour l’accès à des isolats cliniques) offrant une dimension collaborative et appliquée à la recherche.
Profil du candidat :
Le/la candidat(e) devra être titulaire d’un master en microbiologie, biologie moléculaire ou discipline connexe, avec une expérience avérée dans les domaines suivants :
- Manipulation de pathogènes de classe 2 : Expérience en laboratoire L2 et connaissance des bonnes pratiques de biosécurité pour la manipulation de souches pathogènes (idéalement Staphylococcus aureus ou autres bactéries pathogènes).
- Bactériologie : Maîtrise des techniques de culture bactérienne, caractérisation phénotypique et génotypique, ainsi que des méthodes d’analyse de la pathogénicité.
- Construction de mutants : Expérience confirmée en modification génétique (transposition, recombinaison homologue, etc.) pour l’étude fonctionnelle de gènes.
- Analyse de données omiques : Compétences en bioinforma
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Profil recherché
Contraintes et risques :
- Manipulation d’agents pathogènes : Le projet implique la manipulation de Staphylococcus aureus, un pathogène de classe 2. Les travaux expérimentaux seront réalisés en laboratoire de niveau de confinement adapté (L2), conformément à la réglementation en vigueur.
- Travail sur des échantillons cliniques : L’accès à des souches bactériennes d’origine clinique nécessite le respect strict des procédures de biosécurité et des règles éthiques (accords des comités d’éthique, anonymisation des données).
- Gestion des données omiques : Le projet génère des volumes importants de données (génomique, transcriptomique, protéomique). Leur stockage, analyse et partage devront respecter les normes de protection des données (RGPD pour les données humaines associées) et les bonnes pratiques en bioinformatique (reproductibilité, traçabilité).
- Délais et pression scientifique : Le projet s’inscrit dans un cadre collaboratif et compétitif, avec des échéances intermédiaires (livrables pour les partenaires cliniques et industriels). Une bonne organisation et une capacité à travailler en équipe seront essentielles pour respecter les objectifs fixés.
- Travail en environnement réglementé : Certaines étapes du projet pourront être soumises à des contraintes administratives (autorisations pour l’utilisation de souches pathogènes, accès aux locaux).
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
- Spécialisation Formations générales
Langues
- Français Seuil
Qui sommes-nous ?
Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.
C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.
Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.
Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
À propos de l'offre
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
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Vacant
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Chercheuse / Chercheur
