Chargé d'étude « Bancarisation et Traitement des données de captures en mer d'amphihalins

CONTEXTE
Dans le cadre de la Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin (DCSMM), le référent amphihalins de l’équipe Expertise en Ecologie Marine de PatriNat, contribue au développement méthodologique du programme de surveillance et à l’évaluation du Bon Etat Ecologique (BEE) et des Objectifs Environnementaux (OE) des poissons côtiers à l’échelle nationale métropolitaine. Pour les espèces amphihalines, il travaille en étroite collaboration avec le pôle de recherche et de développement OFB, INRAE, Institut Agro et UPPA sur les poissons migrateurs dans leurs environnementaux (Pôle R&D MIAME). Le pôle est en effet responsable au niveau national du suivi des espèces amphihalines (anguilles, saumons, truites de mer) dans le cadre du Data Collection Framework (DCF), règlement européen qui encadre la collecte, la gestion et la mise à disposition des données pour les différents groupes scientifiques qui fournissent un avis sur l’état des stocks de poissons.

Les Objectifs Environnementaux (OE) de la DCSMM visent à ramener les pressions exercées par les activités humaines sur le milieu marin et les différentes composantes de biodiversité à des niveaux compatibles avec le maintien du bon état écologique (BEE) des eaux marines. La pression de pêche étant une des pressions impactant le BEE des espèces amphihalines, une quantification des prélèvements par la pêcherie professionnelle est nécessaire pour renseigner l’OE D01-PC-OE03-ind1 de la DCSMM. Cet OE consiste à évaluer « le nombre de captures d’amphihalins déclarées/an par les pêcheurs professionnels dans les estuaires, les panaches estuariens et les graux à l’aval de la limite la salure des eaux (LSE) ». Pour l’anguille, la cible à atteindre est fixée à « -60% de mortalité par pêche par rapport à une période de référence (2004-2008) qui correspond à la mise en place du Plan de Gestion Anguille (PGA ) ». Pour les autres espèces (esturgeon européen, grande alose et aloses feintes atlantiques et méditerranéennes, lamproies marines et fluviatiles, saumon atlantique et truite de mer), la cible fixée est « un maintien ou une réduction de cette mortalité par pêche », la période de référence restant à définir.
DESCRIPTION DES MISSIONS
Dans ce contexte, le chargé d’étude recruté travaillera, en collaboration avec les agents du pole MIAME spécialisés sur cette thématique, sur les données de déclarations de captures des espèces amphihalines des marins pêcheurs ainsi que sur un ensemble de jeux de données (bases SACROIS-SACAPT-VisioCApture) permettant la mise en qualité de ces données. Il se verra confier plusieurs missions :
1)     Finaliser la mise en place des procédures automatiques/semi-automatiques permettant l’intégration et la qualification des données de déclarations des marins pêcheurs dans la base de données Postgresql existante du pôle R&D MIAME 
2)     Analyser, pour chaque espèce et chaque sous-région marine (Manche/Mer du Nord, Mers Celtiques, Golfe de Gascogne et Méditerranée Occidentale)