Chercheur / Chercheuse post doctoral en biophysique cellulaire (H/F)

Missions :
Rôle des hétérogénéités dans les transitions de phase des systèmes embryonnaires auto-organisés
La gastrulation est une étape cruciale du développement embryonnaire, au cours de laquelle un tissu initialement homogène se structure en couches cellulaires distinctes. Notre équipe a récemment montré que cette transition implique une dynamique mécanochimique dans des gastruloïdes, modèles in vitro dérivés de cellules souches embryonnaires (Hashmi et al., eLife 2022 ; Gsell & Tlili et al., Nature Physics 2025). Cependant, les mécanismes par lesquels les hétérogénéités locales émergent et influencent la différenciation et les comportements collectifs demeurent mal compris. Ce projet vise à élucider comment ces hétérogénéités régulent la différenciation mésodermique et les transitions épithélio-mésenchymateuses (EMT) à l'aide d’approches expérimentales innovantes.
Objectifs
1. Créer des hétérogénéités contrôlées dans les gastruloïdes via des expériences de fusion et l’activation spatiotemporelle de TBRA (Brachyury), acteur clé de transcription de la différenciation mésodermique et de la formation de la ligne primitive lors de la gastrulation.
2. Caractériser l’impact de ces hétérogénéités sur les transitions EMT et les comportements collectifs.
3. Identifier les seuils critiques (nombre, localisation, synchronisation des cellules) dans ces mécanismes

Activités :
1. Création d’hétérogénéités contrôlées
• Expériences de fusion : Combinaison de gastruloïdes à différents stades de différenciation pour étudier l’impact des hétérogénéités sur les transitions EMT et les comportements collectifs.
• Activation spatiotemporelle de TBRA : utilisation de systèmes optogénétiques pour activer TBRA dans des sous-populations cellulaires spécifiques.
2. Caractérisation des transitions de phase
• Analyse des marqueurs EMT et mésodermiques : Immunofluorescence pour suivre les marqueurs clés (TBRA, Snail, Mesp1, E-cadherin, N-cadherin).
• Analyse mécanique des tissus en collaboration avec des biophysiciens de l’équipe
3. Développement et optimisation des protocoles
• Génération de lignées transgéniques
• Mise en place des systèmes optogénétiques : développement et validation d’un système Opto-TBRA pour son activation contrôlée.
4. Analyse des comportements collectifs
• Imagerie en temps réel : Utilisation de la microscopie confocale et multiphotonique
• Analyse des données : utilisation d’outils d’analyse d’images.

Contexte de travail :
L'IBDM situé sur le Campus de Luminy, comprend environ 220 personnes titulaires Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Ingénieurs et Techniciens et non permanents CDD, Post doc, Doctorants, stagiaires répartis sur 21 équipes de recherches et 11 plateaux techniques et services.
L'IBDM est une unité mixte de recherche sous une tutelle du CNRS et de l'AMU, qui explore le domaine de la Biologie du développement et des pathologies qui y sont associées.
L'activité s'exercera au se
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr...