Chercheur postdoctoral (H/F) en virologie et biologie cellulaire
Référence : UPR9002-REDSMY-009
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
- Localisation : 67084 STRASBOURG (France)
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
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Nature du contrat
CDD de 3 ans
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels environ 4 000 € brut mensuel (selon expérience et grille de rémunération applicable) € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Missions :
Analyse spatiale de l'assemblage du génome et du réassortiment du virus influenza A par séquençage in situ de l'ARN
Le projet vise à comprendre comment les interactions spécifiques ARN–ARN viraux et les signaux d'empaquetage du génome influencent l'émergence de virus réassortants présentant un potentiel pandémique.
Le ou la chercheur(se) postdoctoral(e) développera et mettra en œuvre des approches avancées de transcriptomique spatiale afin d'étudier les mécanismes d'assemblage et de réassortiment des génomes du virus influenza A (IAV) au cours de l'infection. Le projet combine la technologie des sondes padlock, l'amplification par cercle roulant (Rolling Circle Amplification, RCA), le séquençage in situ, la microscopie à fluorescence, l'analyse d'images et la modélisation informatique afin de quantifier les intermédiaires d'assemblage du génome viral et de valider les interactions ARN–ARN prédites (voir : https://academic.oup.com/nar/article/53/11/gkaf461/8158541).
Les résultats permettront de mieux comprendre les mécanismes moléculaires de l'empaquetage du génome des virus influenza et de générer des données expérimentales destinées à améliorer les modèles d'apprentissage automatique prédisant le réassortiment entre les virus influenza aviaires et les virus influenza de mammifères.
Activités :
• Développer et optimiser la méthode multiplex de détection directe de l'ARN par sondes padlock (mudRapp-seq) pour l'analyse du génome des virus influenza.
• Concevoir, valider et optimiser des sondes padlock permettant une détection spécifique des segments d'ARN viral de différentes souches.
• Réaliser des expériences d'infection par le virus influenza en conditions d'infection simple et de co-infection.
• Effectuer le séquençage in situ, la microscopie à fluorescence et l'acquisition d'images.
• Quantifier les intermédiaires d'assemblage du génome viral et caractériser les complexes ribonucléoprotéiques viraux (vRNP) au cours de l'infection.
• Analyser la co-localisation spatiale des segments du génome viral tout au long du cycle de réplication.
• Valider les interactions ARN–ARN prédites à l'aide de mutants obtenus par génétique inverse et d'approches d'imagerie spatiale.
• Développer, en collaboration avec des bioinformaticiens, des pipelines d'analyse d'images permettant de reconstruire les voies d'assemblage du génome viral.
• Modéliser la dynamique d'assemblage viral à l'aide d'approches quantitatives, notamment fondées sur les chaînes de Markov.
• Présenter les résultats lors des réunions du consortium et de conférences internationales, et publier les travaux dans des revues scientifiques à comité de lecture.
• Participer à l'encadrement d'étudiants et contribuer aux activités collaboratives du consortium Flu-PREDICT.
Contexte de travail :
Le ou la chercheur(se) postdoctoral(e) rejoindra le laboratoire Architecture et Réactivité de l'ARN (UPR9002) de l'Institut de Biolog
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr...
Profil recherché
Competences :
Essentielles
• Doctorat en biologie moléculaire, virologie, biologie de l'ARN, biologie cellulaire ou discipline apparentée.
• Expérience des techniques de biologie moléculaire.
• Expérience en microscopie à fluorescence et/ou en méthodes d'imagerie.
• Solides connaissances en biologie de l'ARN et en virologie.
• Capacité à analyser des données biologiques quantitatives.
• Excellentes qualités d'organisation et grande rigueur scientifique.
• Aptitude à travailler de manière autonome tout en contribuant efficacement à des projets collaboratifs.
• Excellente maîtrise de l'anglais, à l'écrit comme à l'oral.
Souhaitées
• Expérience en génétique inverse des virus influenza ou d'autres virus à ARN.
• Expérience en transcriptomique spatiale.
• Connaissances en modélisation statistique ou en analyse quantitative de données d'imagerie biologique.
• Compétences en programmation (Python ou R).
Contraintes et risques :
• Travail sur des virus influenza conformément à la réglementation institutionnelle en matière de biosécurité.
• Les expérimentations seront réalisées dans des laboratoires de confinement certifiés, selon des procédures de biosécurité validées.
• Respect obligatoire des règles de sécurité du CNRS et de l'IBMC ainsi que des bonnes pratiques de laboratoire.
• Le poste implique un travail multidisciplinaire nécessitant une coordination étroite avec les partenaires du consortium Flu-PREDICT ainsi que des déplacements occasionnels pour les réunions du consortium et les conférences scientifiques.
• Le projet requiert la manipulation de matériel infectieux, l'utilisation d'équipements de microscopie de haute technologie et l'analyse de grands jeux de données d'imagerie.
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents
- Spécialisation Formations générales
Langues
- Français Seuil
Qui sommes-nous ?
Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.
C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.
Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.
Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
À propos de l'offre
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
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Vacant
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Chercheuse / Chercheur
