Chercheur(e) en Bioinformatique et Statistiques (H/F)

Missions :
Développer des outils bioinformatiques et statistiques pour l’analyse de données transcriptomiques à haut débit et utiliser ces outils pour quantifier l’effet des mutations aléatoires sur la plasticité d’expression des gènes de levure.
Activités :
Afin de déterminer comment les mutations aléatoires contribuent à l’évolution de la régulation d’expression des gènes, l’équipe a développé deux outils complémentaires : i) une approche de transcriptomique à haut débit (microcolony RNA-seq) permettant de quantifier les niveaux d’ARNm de milliers de génotypes de levure (S. cerevisiae) dans différents environnements ; ii) un package R (HTRfit : https://gitbio.ens-lyon.fr/LBMC/yvertlab/vortex/plasticity_mutation/HTRfit) permettant de simuler et d’analyser de grands jeux de données RNA-seq à l’aide de modèles mixtes.

Vous serez amené(e) à :

1. Mettre en place une approche statistique s’appuyant sur HTRfit pour comparer les distributions d’effets des mutations aléatoires sur l’expression de différents gènes dans différents environnements. Une analyse de puissance sera effectuée sur des données simulées, puis l’approche sera appliquée à l’analyse de données transcriptomiques générées par microcolony RNA-seq.

2. Participer à la diffusion des outils développés, notamment par la participation à un ou plusieurs congrès scientifique et par la contribution à l’écriture d’articles méthodologiques, notamment une application note décrivant le logiciel HTRfit.

Ces missions s’inscrivent au coeur du projet européen eGRIDE dont l’ambition est de comprendre les mécanismes d’évolution de la régulation d’expression des gènes en fonction de l’environnement. Ce projet a pour but de déterminer comment l’évolution de la régulation génique dépend d’une part de l’effet des mutations aléatoires – « Quel champ des possibles ? », et d’autre part de la sélection – « Quels bénéfices et coûts de la régulation ? ». Les connaissances acquises dans le cadre de ce projet permettront de mieux prédire l’évolution de la régulation des gènes, que ce soit lors de l’adaptation des espèces à leurs environnements naturels qui sont dynamiques ou lors de certains processus pathologiques.
Contexte de travail :
Vous travaillerez sous la direction scientifique de Fabien Duveau (chargé de recherche) dans l’équipe « Complexité génétique des systèmes vivants » (http://www.ens-lyon.fr/LBMC/gisv/index.php/fr/) au Laboratoire de Biologie et Modélisation de la Cellule (UMR5239) à l’ENS de Lyon. Le LBMC est une institution de recherche de pointe dédiée à l'étude des mécanismes fondamentaux de la vie cellulaire. Nous combinons des approches expérimentales en biologie moléculaire, cellulaire et génétique avec des méthodes de modélisation mathématique et informatique pour comprendre les processus complexes qui régulent le fonctionnement des cellules. Vous bénéficierez de l’environnement hautement interdisciplinaire au sein de l’équipe et du lab
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