Chercheur·e en CDD – Optimisation quantique (QUBO) pour la reconstruction de trajectoires de poissons m

Missions :
Le poste s’inscrit dans le projet Q-FINS (Quantum FINe-scale route inference for marine Species), mené au Laboratoire d’Océanographie Physique et Spatiale (LOPS, UMR 6523 UBO/CNRS/Ifremer/IRD, Brest) sous la responsabilité de Jean-Marc Delouis et Tina Odaka.
Q-FINS vise à reconstruire les trajectoires de poissons marins à partir de données de biologging (profondeur et température enregistrées par des marques électroniques). Ce problème inverse devient fortement combinatoire dès que l’on introduit des contraintes biologiques globales (budget énergétique, changements de comportement), ce qui motive sa formulation comme une optimisation binaire quadratique (QUBO) adaptée au calcul quantique.
La mission consiste à développer et tester ces méthodes sur le calculateur quantique à atomes neutres Ruby de Pasqal, hébergé au TGCC, et à les comparer aux approches classiques.

Activités :
– Mettre en œuvre la formulation QUBO à encodage explicite des positions (position × temps) décrite dans la note technique Q-FINS : termes d’observation (température/profondeur), de mouvement, contraintes aux extrémités (lâcher et recapture) et au moins une contrainte biologique non locale (ex. budget métabolique).
– Adapter ces QUBO au calculateur à atomes neutres Ruby à l’aide des outils logiciels de Pasqal (ex. Pulser) et les exécuter au TGCC sur des instances réduites (environ 30 à 40 qubits, 10 à 15 pas de temps, trajectoires synthétiques ou sous-échantillonnées).
– Comparer les résultats aux références classiques sur le même objectif : programmation dynamique / HMM, branch-and-bound, recuit simulé.
– Évaluer les performances : meilleure énergie, temps d’obtention, reproductibilité, plausibilité des trajectoires, nombre de variables binaires.
– Si le temps le permet, explorer l’encodage compressé par mouvements.
– Documenter le code et rédiger une note de synthèse des résultats.
Pas d’encadrement de personnel.

Contexte de travail :
La personne recrutée sera accueillie au LOPS (Brest) et travaillera en lien étroit avec Jean-Marc Delouis et Tina Odaka, porteurs du projet Q-FINS.
Objectif : obtenir en deux mois une première preuve de concept de la reconstruction de trajectoires par optimisation quantique sur Ruby, appuyée par une comparaison quantitative avec les méthodes classiques.
Moyens : accès à distance au calculateur quantique Ruby de Pasqal au TGCC, ressources de calcul HPC pour les références classiques, note technique Q-FINS, données de biologging et champs environnementaux fournis par l’équipe. Contrat financé par le projet IAOCEA.