Contrat doctoral en Microbiologie H/F

Sujet de thèse :
Le potentiel des micro-organismes extrêmophiles pour la bioprospection — c’est-à-dire la recherche systématique de produits naturels à applications industrielles et de leurs origines génétiques — est largement reconnu. Pourtant, ce potentiel reste en grande partie inexploité en raison des difficultés liées à la culture de ces organismes en laboratoire et du manque d’outils génétiques adaptés.
Dans ce projet interdisciplinaire, nous combinerons la génétique à haut débit et les matériaux avancés pour criblage efficace des gènes de thermorésistance chez l’archée Thermococcus kodakarensis, capable de croître jusqu’à 100 °C. Une bibliothèque génomique de mutants par transposition de T. kodakarensis sera cultivée dans des dispositifs millifluidiques fabriqués à partir de matériaux extrêmement résistants à la chaleur, permettant l’application de pulses thermiques dépassant 100 °C en quelques secondes.
En associant microbiologie, science des matériaux et ingénierie, nous visons à accélérer les avancées en biotechnologie en identifiant les gènes impliqués dans les réponses immédiates et adaptatives à une chaleur extrême. Au-delà des applications potentielles, ce projet ouvre de nouvelles perspectives pour comprendre l’évolution, la plasticité et les contraintes physiques qui façonnent la vie cellulaire.

Contexte :
Le doctorant travaillera pour la première partie de sa thèse à l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) à Gif sur Yvette sous direction de Tamara Basta. La deuxième partie de thèse se déroulera sous direction d'Anaïs Cario à l'Institut de Chimie de la Marière Condensée de Bordeaux (ICMCB).
L’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) est une Unité Mixte de Recherche (UMR 9198) associée au CEA, au CNRS et à l’Université Paris-Saclay. L’institut comporte environ 650 personnels et se consacre à l’étude du fonctionnement des cellules en tant que systèmes intégrés, à différentes échelles, en s’appuyant sur divers systèmes modèles. Il rassemble de nombreuses équipes de recherche travaillant sur tous les aspects de la cellule, des constituants cellulaires aux interactions cellulaires, et dispose de plateformes technologiques avancées (microscopies, spectroscopies, cristallographie, analyse génomique, modélisation, etc.) pour soutenir des projets de recherche fondamentale et appliquée en biologie.
L’Institut de Chimie de la Matière Condensée de Bordeaux (ICMCB, UMR 5026) est une Unité Mixte de Recherche associée au CNRS, à l’Université de Bordeaux et à Bordeaux INP. L’institut est spécialisé en chimie du solide, science des matériaux et procédés chimiques, avec une expertise reconnue dans la conception, la synthèse, la mise en forme et le recyclage de nouveaux matériaux. Ses activités couvrent des domaines d’application variés, tels que l’énergie, l’environnement, la santé, l’électronique et la photonique.