Doctorant / Doctorante (H/F) en mathématiques avec applications à l'épidémiologie

Sujet de thèse :
Modélisation mathématique de la circulation épidémique à Mayotte: analyses projectives et rétrospectives

CONTEXTE
L’ı̂le française de Mayotte, un archipel de l’océan Indien situé à proximité des ı̂les Comores, a connu plusieurs épidémies ces dernières années. Quatre épidémies de dengue ont été enregistrées récemment à Mayotte, en 2010, 2012, 2014 et 2019-2020, avant l’épidémie de SARS-CoV-2 sur le territoire.
Par coı̈ncidence, deux enquêtes en population ont été réalisées en 2019 (Unono Wa Maoré) et en 2021 (MayCov), respectivement avant et après l’épidémie de dengue de 2019-2020, qui reste à ce jour la plus importante en nombre de cas déclarés sur ce territoire.
D’autre part, le territoire a également été touché par des épidémies de Chikungunya en 2005-2006 et en 2025 – avec des nouveaux cas reportés début 2026. Des enquêtes sérologiques ont également été effectuées post-épidémie en 2006, et en cours de pic épidémique en juin 2025 (EpiMay).

OBJECTIFS
L’objectif premier de cette thèse est de répertorier les données existantes, de différentes natures (nombre de cas reportés, résultats d’enquêtes sérologiques) et de développer des modèles existants et/ou originaux afin de dresser une synthèse de la situation épidémiologique des arboviroses à Mayotte, et d’anticiper au mieux les risques futurs.
Pour affiner au mieux cet état des lieux et cet état des risques, nous envisageons de surcroı̂t d’examiner en détail les deux points suivants :
-1- une analyse comparée avec le territoire de la Réunion, qui a subi des crises analogues dans les années récentes. Nous sommes intéressés en particulier à comparer les systèmes de santé au regard des résultats de la modélisation sur les épidémies passées (en particulier le Chik en 2025). En effet, nous avons obtenus des résultats préliminaires surprenants sur le territoire de Mayotte, avec un taux de détection très faible (approx. 1 cas reporté pour 50 cas) malgré une maladie avec un fort taux attendu de cas symptomatiques. En ce sens, l’analyse a posteriori des facteurs socio-culturels de l’enquête menée par l’ARS sera potentiellement très instructif. Il est à noter que l’estimation du taux de détection dans le cas de la dengue était du même ordre de grandeur.
-2- une comparaison méthodologique entre les modèles ”mécanistiques” de lutte anti-vectorielle et les modèles ”macroscopiques” de type SIR calibrés sur les données d’enquête sérologique. En effet, les indicateurs de risque 1(estimation du R0) issus des modèles de prédiction de populations de moustique sur le terrain et leur incidence sur l’épidémie diffèrent grandement à l’heure actuelle avec les indicateurs (estimation du R0) basés sur de simples modèles EDO calibrés sur des données d’échantillonage en population générale (circa 1 millier d’individus) qui donnent une estimation fiable sur
la part de population infectée.
La personne recrutée en thèse devra également se montrer réactive pou
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