Doctorant en microbiologie et génétique moléculaire (H/F)

Sujet de thèse :
L’optimisation de la production d’antibiotiques repose encore largement sur des approches empiriques, fondées sur des cycles d’essais et erreurs. Pour dépasser ces limites, il est essentiel de développer des outils standardisés et des méthodologies systématiques dédiées à l’ingénierie des Streptomyces. La biologie synthétique permet, par exemple, le clonage et la réorganisation de clusters de gènes de biosynthèse silencieux (cryptiques), afin d’activer leur expression et permettre ainsi la découverte de nouveaux métabolites. Elle offre également la possibilité de générer des « produits naturels non naturels » par biosynthèse combinatoire.
L’objectif du projet ANR ArchiStrept, dans le cadre duquel ce doctorat s’effectuera, est de mettre en place un cadre méthodologique pour l’intégration et l’ingénierie optimisée des clusters de gènes de biosynthèse de métabolites spécialisés (SMBGCs) dans un panel de Streptomyces super-hôtes. Notre hypothèse est que l’organisation et la localisation chromosomique des SMBGCs influencent directement leur niveau d’expression. Le projet de thèse consistera à intégrer à divers endroits des chromosomes de quatre super-hôtes Streptomyces, des groupes de gènes de biosynthèse choisis pour leur diversité. Les niveaux d’expression des gènes et la quantification des métabolites produits seront déterminés et comparés. Ce travail devrait contribuer à la construction d’un chassis Streptomyces optimisé pour la production de métabolites d’intérêt.

Contexte :
L'I2BC est une très grande unité mixte de recherche CNRS, CEA et Université Paris Saclay créée depuis le 1er janvier 2015. Localisée sur les sites de Gif, d'Orsay et de Saclay, l'unité a un effectif moyen d’environ 650 personnes réparties entre 5 départements scientifiques, 43 équipes de recherches, 17 plateformes technologiques de haut niveau.
L'équipe « Microbiologie Moléculaire des Actinomycetes » s'intéresse à la biologie des actinomycetes. Le suivi du travail du doctorant sera effectué conjointement par la Directrice de thèse et responsable scientifique dans l'équipe du projet ArchiStrept et par un ingénieur de recherche de l’équipe (co-encadrant). La formation à la manipulation des Streptomyces et aux techniques spécifiques non maîtrisées par la personne recrutée seront assurées par un ou plusieurs membres de l'équipe. Le doctorant sera inscrit à l’Université Paris-Saclay, dans l’école doctorale SDSV (Structure et Dynamique des Systèmes vivants).