Doctorant (H/F) en génomique régulatrice comparative : origines évolutives des enhancers exoniques
Référence : UMR5558-NATARB-118
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
- Localisation : 69622 VILLEURBANNE (France)
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
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Nature du contrat
CDD de 3 ans
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels La rémunération est de 2300,00 € brut mensuel € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Sujet de thèse :
La plupart des études génomiques de la régulation de l’expression des gènes reposent sur l’hypothèse que les éléments cis-régulateurs sont situés en dehors des régions qui codent pour des protéines. Cependant, il est à ce jour démontré que les exons codants peuvent avoir des rôles cis-régulateurs, pouvant notamment fonctionner comme éléments amplificateurs de l’expression des gènes (Lampe et al. 2008; Ritter et al. 2012; Birnbaum et al. 2012). Des travaux récents ont démontré que les génomes de l’humain et de la souris contiennent plusieurs milliers d’exons codants avec de forts signaux de fixation de facteurs de transcription et des signatures chromatiniennes caractéristiques des éléments amplificateurs (Mouren et al. 2026). Des rôles régulateurs ont été validés expérimentalement pour plusieurs centaines de ces éléments exoniques (Mouren et al. 2026). Ces observations appellent à une réévaluation de la définition des éléments régulateurs et de l’impact fonctionnel des mutations qui ont lieu dans les régions exoniques codantes du génome.
Le projet de recherche doctoral financé dans le cadre de l’ANR EXONHANCER se focalisera sur les origines et les trajectoires évolutives des éléments régulateurs exoniques, à travers les vertébrés. Son objectif principal est de clarifier l’impact des doubles contraintes fonctionnelles (séquence codant pour une protéine et séquence régulatrice) sur l’évolution des éléments régulateurs exoniques.
La personne recrutée intégrera des annotations génomiques et des alignements de génomes complets afin d’identifier les enhancers exoniques orthologues et de reconstituer leur histoire évolutive. Le projet étudiera la manière dont les contraintes liées au codage protéique et à la régulation interagissent sur de longues échelles de temps évolutif, ainsi que l’influence de forces évolutives plus récentes sur les enhancers exoniques. Le travail comprendra le développement de workflows bioinformatiques reproductibles, la réalisation d’analyses statistiques, ainsi que la visualisation et l’interprétation de données génomiques à grande échelle.
Nous recherchons une personne titulaire, ou en voie d’obtention avant le début du contrat, d’un diplôme de master ou équivalent en bioinformatique, biologie computationnelle, génomique, biologie évolutive ou dans une discipline apparentée. Les compétences essentielles comprennent une expérience dans l’analyse de données génomiques, la maîtrise de Python et/ou de R, une bonne connaissance de la ligne de commande sous Linux/Unix et de solides bases en statistiques. La personne recrutée devra être capable de travailler de manière autonome et collaborative, ainsi que de communiquer efficacement leurs résultats scientifiques en anglais.
Une expérience en génomique comparative, évolution moléculaire, phylogénétique, génomique des populations ou transcriptomique constituera un atout.
Une connaissance des formats de données g
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Profil recherché
Contraintes et risques :
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
- Spécialisation Formations générales
Langues
- Français Seuil
Qui sommes-nous ?
Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.
C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.
Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.
Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
À propos de l'offre
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
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Vacant
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Chercheuse / Chercheur
