Doctorant (H/F) Les relations hôtes-parasites favorisent elles les transferts horizontaux chez les an

Sujet de thèse :
Chez les métazoaires, l’information génétique est très largement transmise de parents à descendants via la reproduction. Néanmoins, dans les dernières années, on s’est rendu compte que des lignées de métazoaires parfois très distantes ont pu échanger de l’ADN au cours de l’évolution. On parle alors de transferts horizontaux. Bien que ces transferts soient nettement moins fréquents comparativement aux procaryotes, il est clair qu’ils ont contribué de manière très significative à l’évolution des métazoaires, soit en permettant la colonisation de parasites génomiques tels que les éléments transposables1, soit par le transfert de gènes à fort potentiel adaptatif2. En dépit de l’importance évolutive de ces transferts horizontaux, les mécanismes et facteurs favorisant leur survenue restent très largement inconnus. L’objectif de la présente thèse est d’explorer, par une approche bioinformatique, l’hypothèse que les transferts horizontaux sont favorisés par le parasitisme. En effet, on s’attend à ce que la proximité physique existant entre l’hôte et son parasite favorise l’échange de matériel génétique, de manière directe ou indirecte, entre les protagonistes. La thèse reposera sur l’analyse de deux jeux de données. Le premier est constitué de papillons et de leurs insectes parasitoïdes, tous collectés au sein d’une réserve naturelle au Costa-Rica. Les interactions écologiques de parasitisme ont été particulièrement bien décrites par des collaborateurs et nous avons séquencé les génomes de 227 espèces (95 parasitoïdes/132 hôtes). Ce jeu de données permettra de mesurer la contribution des connections écologiques entre les espèces du réseau au flux de transferts horizontaux. Le second jeu de données, plus large, sera constitué d’un échantillonnage de génomes de métazoaires parasites et de leurs hôtes disponibles publiquement (n=592 espèces parasites au total). Ce deuxième jeu de données permettra d’étendre les conclusions à d’autres clades d’animaux (notamment les vertébrés en tant qu’hôtes) et à différents types de relations parasitaires et (ex : hématophagie). Nous recherchons une personne intéressée par les sciences de l’évolution, avec une appétence pour la bioinformatique.
Contexte :
La personne recrutée intègrera le laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (LBBE) situé sur le campus universitaire LyonTech La Doua à Villeurbanne (https://lbbe.univ-lyon1.fr).
La thèse sera co encadrée par Julien Varaldi (MCF HDR, LBBE, Univ. Lyon 1) et Clément Gilbert (DR CNRS, laboratoire EGCE, Univ. Paris-Saclay). L’essentiel des analyses prévues dans la thèse seront effectuées au laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive à Lyon, mais plusieurs séjours au laboratoire EGCE sont envisagés afin de faciliter le partage de connaissances.
Ce projet s’inscrit dans le cadre plus large d’un projet ANR financé (VIRHOZFER,
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