Doctorant (H/F) en Biologie du dévelopement (EvoDevo)

Sujet de thèse :
Si le rôle de plusieurs voies de signalisation dans la mise en place du système nerveux a déjà été documenté chez l’amphioxus, leur contribution à la neurogenèse — c’est-à-dire la génération et la diversification des types de cellules neuronales — reste largement méconnue aux niveaux transcriptomique et cellulaire. Ce projet vise à combler cette lacune en étudiant les fonctions de quatre voies de signalisation intercellulaires au cours du développement de l’amphioxus : Notch, Wnt, BMP et Hedgehog (Hh). Les travaux s’articulent autour de trois objectifs complémentaires :
(1) Définir les rôles de ces voies dans le développement neural grâce à une approche pharmacologique combinée à une caractérisation phénotypique et à des hybridations in situ de gènes marqueurs.
(2) Identifier les gènes cibles de ces voies par séquençage transcriptomique en masse (RNA-seq en masse) d’échantillons traités par rapport à des échantillons témoins, suivi d’analyses différentielles et d’une validation par hybridations in situ.
(3) Caractériser, au niveau cellulaire, les trajectoires de développement contrôlées par ces voies à l’aide d’une approche transcriptomique de noyaux uniques (RNA-seq noyaux uniques), permettant ainsi la construction d’un atlas cellulaire du système nerveux de l’amphioxus.

Ce projet fait donc appel à des approches en biologie du développement et en transcriptomique comparative. Les missions du doctorant (H/F) seront donc :
- Prendre en charge la stabulation et la ponte d’adultes et la culture d’embryons et de larves d’amphioxus
- Effectuer des traitements pharmacologiques de cultures d’embryons et de larves d’amphioxus
- Mettre en place la caractérisation phénotypique, ainsi que les manipulations d’hybridation in situ
- Gérer la mise en place expérimentale de protocoles de RNA-seq en masse et de RNA-seq en noyau unique
- Analyser bio-informatiquement les données de RNA-seq en masse et de RNA-seq en noyau unique
- Corroborer les données de RNA-seq en masse et de RNA-seq en noyau unique avec des manipulations in vivo chez l’amphioxus
- Présenter les travaux lors de réunions de collaboration et de conférences internationales
- Rédiger des rapports et des articles scientifiques destinés à des revues prestigieuses
- Rédiger une thèse de doctorat pour Sorbonne Université
- Apporter un soutien à d'autres projets de l’équipe

Contexte :
Le projet sera réalisé dans l’équipe EvoInSiDe du Laboratoire de Biologie du Développement de Villefranche-sur-Mer (LBDV) (UMR 7009 — CNRS/Sorbonne Université). Le doctorant (H/F) aura donc accès aux services du Laboratoire de Biologie du Développement de Villefranche-sur-Mer (LBDV), ainsi qu’aux plateformes de l’Institut de la Mer de Villefranche (IMEV) (moyens à la mer, microscopie, biologie moléculaire, bio-informatique). Le doctorant (H/F) sera encadré par Michael Schubert, directeur de recherche au CNRS, qui co-dirige l’équipe EvoInSiDe. Le proje
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