Doctorant (H/F) en Biologie

Sujet de thèse :
Ce projet de thèse s'appuiera sur les travaux en cours menés au sein du laboratoire d'accueil, axés sur l'identité et le devenir des populations de cellules souches chez la meduse Clytia hemisphaerica. Ces travaux indiquent que plusieurs populations de cellules souches coexistent au sein de la méduse, dont l'origine remonte aux polypes spécialisés qui produisent les méduses, notamment une population de cellules souches somatiques et une population potentielle de cellules souches germinales (GSC). L’aspect lié à la détermination du sexe s’appuie sur une étude antérieure menée à partir de Clytia sauvages prélevées dans la baie de Villefranche, indiquant que la température joue un rôle dans la détermination du sexe, en agissant sur les jeunes colonies de polypes et/ou les méduses à un stade précoce. Plus précisément, ce projet de thèse visera à : 1) Définir, aux niveaux moléculaire et cellulaire, la trajectoire de différenciation de la lignée germinale, depuis les cellules souches germinales (GSC) jusqu’aux cellules germinales, tant chez les méduses mâles que femelles et dans les colonies de polypes ; 2) déterminer où et quand les GSC (ou leurs précurseurs) acquièrent pour la première fois une identité mâle ou femelle ; 3) utiliser des colonies « bipotentielles » (c’est-à-dire capables de changer de sexe) fraîchement générées afin d’identifier les gènes régulateurs clés contrôlant l’identité sexuelle au sein de la lignée des cellules germinales chez Clytia.

Contexte :
Le projet associera des approches issues de la bioinformatique, de la biologie cellulaire, de l’imagerie et de la génomique fonctionnelle. Le candidat exploitera les outils et ressources existants pour l’étude de Clytia. Les techniques d’imagerie in vivo sur cette espèce transparente permettront de suivre les mouvements des cellules souches. Le doctorant générera des données de séquençage en masse et de séquençage d’ARN unicellulaire (scRNAseq) à partir de gonades de jeunes méduses, ainsi que de gonozooïdes (polypes spécialisés au sein desquels se développent les méduses), tant chez les mâles que chez les femelles. Il utilisera des techniques d’immunohistochimie, de réaction en chaîne par hybridation (HCR) et d’EdU pour visualiser les cellules souches germinales (GSC), les cellules pré-méiotiques et les cellules germinales méiotiques dans des tissus fixés, et pour caractériser l’apparence des différentes populations cellulaires au sein de la colonie de polypes et de la méduse. La fonction des gènes régulateurs identifiés pourra être testée à l’aide d’une inactivation par CRISPR/Cas9.