Doctorant (H/F) en Imagerie cérébrale avancée par IRM de diffusion

Sujet de thèse :
L'IRM de diffusion avancée connaît un essor majeur avec le développement de techniques d'imagerie paramétrique de la microstructure cérébrale, ouvrant de nouvelles perspectives pour le diagnostic et le pronostic des neuropathologies grâce à des biomarqueurs plus spécifiques et précoces.
Cette thèse a pour objectif de développer et mettre en œuvre la méthodologie nécessaire à la production de cartes paramétriques de haute qualité décrivant la microstructure de la substance blanche et de la substance grise cérébrales. Le candidat optimisera la méthode d'IRM de diffusion 3D à haute sensibilité et résolution développée par l'équipe du Dr Bassem Hiba (Tounekti et al., 2018 ; Bihan-Poudec et al., 2023 ; Crombé et al., 2022), sur un scanner préclinique 7 Tesla dédié à l'imagerie du petit animal.
Des données in vivo avancées seront acquises chez le rongeur à l'aide de protocoles exploitant des variations d'encodage de la diffusivité de l'eau, afin de mieux caractériser la microstructure tissulaire. Le doctorant assurera ensuite le pré-traitement et la modélisation des données à l'aide d'algorithmes de pointe, dans le but d'extraire des biomarqueurs microstructuraux robustes et spécifiques de la substance blanche et de la substance grise.
Ce travail se situe à la frontière entre physique médicale, traitement du signal et neurosciences, et donnera lieu à des publications scientifiques et communications en conférences internationales.
Contexte :
La thèse se déroulera au sein du laboratoire d'excellence ISC-MJ (CNRS) à Lyon, dans l'équipe du Dr Bassem Hiba, spécialisée en méthodologie de l'IRM. L'environnement de recherche est fortement multidisciplinaire, à l'interface entre le développement de séquences IRM avancées, le traitement et la modélisation de données d'imagerie cérébrale, et la neurobiologie.
Les travaux expérimentaux seront réalisés sur un scanner IRM préclinique de très haut champ (7T), situé sur la plateforme technologique lyonnaise CERMEP, équipée pour l'imagerie du petit animal. Le traitement des données sera effectué sur un cluster informatique dédié, permettant l'analyse et la modélisation avancée des signaux IRM. Cet environnement offre un cadre stimulant, à la croisée des technologies d'imagerie de pointe et des problématiques fondamentales en recherche biomédicale.
Ce projet de recherche est financé par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR) et s'appuie sur un consortium de partenaires complémentaires : des équipes spécialisées en biologie, en charge de la validation in vivo des résultats, et des équipes spécialisées en simulation numérique, chargées de développer une modélisation numérique de la microstructure cérébrale. Le doctorant (H/F) collaborera étroitement avec ces partenaires tout au long de la thèse.