Doctorat : Cycle de vie des algues rouges : plasticité et résilience face aux changements climatiques -

Sujet de thèse :
Les algues rouges comptent parmi les premiers eucaryotes multicellulaires et jouent un rôle écologique et économique fondamental dans les écosystèmes côtiers. Des espèces comme *Gracilaria chilensis* contribuent à la formation des habitats, soutiennent la biodiversité et sont largement exploitées pour leurs phycocolloïdes et autres composés bioactifs. Une caractéristique déterminante des algues rouges est leur cycle de vie complexe en trois phases, qui influence fortement la dynamique des populations, leur capacité de dispersion et leur résilience face aux changements environnementaux.

Cependant, les populations naturelles présentent fréquemment des phénotypes reproductifs non canoniques, notamment la reproduction asexuée (aposporie, apogamie) et la présence, sur un même thalle, de structures reproductives mixtes issues de différents stades du cycle de vie. Les mécanismes, la régulation et les conséquences écologiques de ces phénotypes à phases mixtes restent largement inconnus, ce qui représente une lacune majeure dans notre compréhension de la biologie des algues rouges.

Ces phénotypes pourraient refléter une plasticité reproductive adaptative en réponse à la variabilité environnementale, ou des perturbations dans les réseaux de régulation du cycle de vie. Résoudre cette question est essentiel pour prédire la réaction des populations d'algues rouges face aux changements climatiques et pour améliorer les stratégies de conservation et d'aquaculture. En utilisant Gracilaria chilensis comme organisme modèle, ce projet vise à élucider les mécanismes génétiques, physiologiques et environnementaux qui contrôlent les transitions du cycle de vie. Nous combinerons la génomique, la transcriptomique, la physiologie et la modélisation des réseaux métaboliques pour identifier les processus sous-jacents à la variation reproductive.

Ce projet est intrinsèquement interdisciplinaire, car la régulation des transitions du cycle de vie s'étend sur de multiples échelles biologiques. Les analyses moléculaires identifieront les mécanismes de régulation potentiels, tandis que les mesures physiologiques évalueront leurs conséquences fonctionnelles à l'échelle de l'organisme. Ces données seront intégrées à des modèles de réseaux métaboliques afin de fournir une compréhension systémique de l'influence des facteurs environnementaux sur les stratégies reproductives. En intégrant la variation environnementale, la régulation génique et les stratégies reproductives, ce projet fera progresser notre compréhension de l'évolution et fournira un cadre prédictif de la réponse des algues rouges utilisées en aquaculture aux changements globaux.

Les principaux objectifs du projet sont :

(1) identifier les gènes et les voies de régulation associés aux transitions du cycle de vie à l’aide d’approches génomiques et transcriptomiques ;

(2) caractériser les différences physiologiques entre les individus en phase canon
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