Doctorat en Biologie des systèmes computationnelle / Bioinformatique (H/F)

Sujet de thèse :
Description de l'offre : Création d'un jumeau numérique prédictif multi-échelle de la rétine atteinte de DMLA (DC8)
Ce poste de doctorant(e) s'inscrit dans le cadre du réseau doctoral MSCA PANDORA, qui étudie les mécanismes pathologiques et l'optimisation de nouveaux médicaments pour la dégénérescence maculaire liée à l'âge (DMLA).
La modélisation computationnelle permet aux chercheurs d’intégrer plusieurs types de données biologiques dans un cadre unique, de tester des perturbations in silico et de prédire les mécanismes pathologiques ainsi que les réponses aux traitements avant de les tester en laboratoire.
Le/la doctorant(e) élaborera des cartes d’interactions moléculaires à grande échelle des mécanismes rétiniens liés à la DMLA et au système du complément. Il transformera ces cartes en modèles booléens exécutables à l’aide du cadre « map-to-model » développé au CNRS/UPS et à l’INRIA, puis ajustera les modèles à des conditions spécifiques de la DMLA à l’aide de données omiques générées au sein du consortium. Les modèles seront ensuite intégrés dans un modèle multi-échelle basé sur des agents (ABM) afin de créer un jumeau numérique de la rétine atteinte de DMLA, simulant la communication intercellulaire et l’homéostasie tissulaire
Le jumeau numérique simulera les perturbations du système étudiées expérimentalement à l’échelle du réseau : conditions de stress environnemental, différentes compositions de la matrice extracellulaire, inactivations géniques et variants à gain de fonction. Les prédictions in silico seront comparées aux données in vitro fournies par les partenaires du projet PANDORA. Enfin, le modèle sera utilisé dans le cadre d’une stratégie de réorientation thérapeutique visant à identifier et à hiérarchiser de nouvelles cibles thérapeutiques pour la DMLA, qui seront ensuite transmises au consortium en vue d’une validation expérimentale.
Le laboratoire d’accueil a récemment mis au point une technologie permettant d’étendre les modèles booléens à un maximum de 1 000 biomolécules et les modèles ABM à des milliers d’agents. Le/la doctorant(e) s’appuiera sur ces avancées pour créer des modèles prédictifs de pointe à grande échelle de la DMLA.
Nous recherchons un(e) doctorant(e) très motivé(e) et doté(e) d’une grande curiosité intellectuelle, possédant de solides connaissances en biologie computationnelle ou systémique, en bioinformatique ou dans un domaine quantitatif connexe.
La DMLA est la cause la plus fréquente de cécité chez les personnes âgées. Ses mécanismes pathologiques sont complexes et pas encore entièrement compris, ce qui en fait un sujet particulièrement adapté à la modélisation au niveau des systèmes.
Compétences/Qualifications :
- Un master en bioinformatique, en biologie computationnelle ou des systèmes, en biologie à forte orientation quantitative, en informatique, en mathématiques appliquées ou dans un domaine étroitement lié.
- Une expérience en pr
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