Doctorat en génomique évolutive de chromosomes sexuels de champignons (H/F)

Sujet de thèse :
Les chromosomes sexuels possèdent souvent de grandes régions sans recombinaison, qui se sont étendues progressivement au cours du temps. L’absence de recombinaison limite l'efficacité de la sélection naturelle, entraînant une dégénérescence génomique, un phénomène bien documenté chez les mammifères qui ont un chromosome Y fortement réduit et très dégénéré. La recombinaison est parfois également supprimée autour des gènes de type sexuel chez les champignons, et leurs génomes petits et compacts en font d’excellents modèles pour étudier les conséquences de la suppression de recombinaison. Ce projet vise à étudier la dégénérescence des chromosomes de types sexuels chez Microbotryum, un genre de champignons pathogènes de plantes. Des assemblages de génomes de haute qualité sont disponibles pour 36 espèces de champignons phylogénétiquement proches, avec plus de 45 événements indépendants de suppression de recombinaison sur leurs chromosomes de types sexuels, couvrant une gamme temporelle étendue mais relativement récente. Des données d’expression génique complètent ces ressources pour certaines de ces espèces. Par ailleurs, des données pour des groupes externes possédant des chromosomes de type sexuel recombinants permettent d’inférer l’état ancestral du contenu en gènes et des niveaux d’expression. Ce jeu de données constitue un matériel unique pour étudier la dynamique de la dégénérescence sur les chromosomes de types sexuels dans ses premières étapes. Il s’agira en particulier d’étudier la dynamique de la baisse d’expression et des pertes de gènes au cours du temps et de déterminer s’il y a eu évolution d’une compensation de dosage (hausse d’expression d’un allèle pour compenser la perte d’un autre allèle), comme observé chez certains animaux ou plantes.
Contexte :
L’unité Ecologie, Société et Evolution (ESE) est une unité mixte de recherche CNRS, AgroParisTEch et Université Paris Saclay, qui conduit des recherches en écologie et évolution qui visent à étudier l’origine et la dynamique de la biodiversité ainsi que l’évolution et le fonctionnement des écosystèmes. L’unité est localisée sur le campus scientifique de l’université Paris-Saclay au sein de l’IDEEV (Institut Diversité Ecologie et Evolution du Vivant) et compte 125 personnes et dispose d’une serre, de laboratoires de biologie moléculaire et de culture in vitro.
Le doctorant ou la doctorante travaillera au sein de l’équipe “Génétique et écologie évolutives”, dans le groupe de Tatiana Giraud composé d’1 DR, 1 CR, 2 MdC, 1 post-doc, 2 doctorantes, 1 IR et 1 IE. Le poste se place au sein d’un projet ERC visant à comprendre l’évolution des chromosomes sexuels de champignons.