Doctorat en Modélisation Cellulaire Computationnelle (H/F)

Sujet de thèse :
1. Missions
Ce poste s'inscrit dans le cadre d’un projet de pointe portant sur le développement de modèles
cellulaires computationnells à gros grains, qui seront intégrés dans la méthode de simulation par
dynamique particule dissipative lisse (SDPD). Ces modèles visent à capturer les réponses
cellulaires sous diverses excitations mécaniques et seront calibrés à l’aide de données
expérimentales (AFM, pinces optiques, micro-rhéologie par suivi de particules, etc.), de simulations
atomistiques et de potentiels appris par machine

2. Activités
- Concevoir et développer des modèles à gros grains de cellules afin de capturer leurs propriétés
mécaniques et structurales essentielles.
- Développer et mettre en œuvre des méthodes avancées de simulation particule, telles que la
dynamique dissipative lisse (SDPD), en les couplant à des stimulations mécaniques externes.
- Réaliser des simulations à grande échelle en utilisant les modèles cellulaires et les techniques
numériques développées.
- Valider et calibrer les résultats des simulations à partir de données expérimentales pour optimiser
les paramètres des modèles et garantir leur pertinence biologique.
- Analyser les résultats des simulations afin d’étudier la réponse mécanique des cellules à des
stimulations externes et d’identifier les mécanismes biophysiques sous-jacents.
- Collaborer étroitement avec des chercheurs expérimentateurs pour assurer une intégration
cohérente entre modélisation et expérimentales.

3. Compétences
- Master en physique théorique/numérique ou en
chimie théorique/numérique
- Bonne connaissance de la simulation par dynamique moléculaire
- Notions en programmation, notamment en Fortran, C ou C++

4. Savoir-faire :
- Concevoir et mettre en œuvre des protocoles de simulation adaptées
- Analyser, interpréter et synthétiser les résultats de manière rigoureuse
- Rédiger des articles scientifiques pour des revues internationales à comité de lecture

5. Savoir-être :
- Capacité d’innovation, rigueur et fiabilité dans l’exécution des tâches
- Bon sens de l’organisation
- Aptitude au travail en équipe et à la collaboration scientifique.
Contexte :
Le travail sera réalisé au sein du laboratoire UMR 8266 CNRS, “Laboratoire de Biochimie Théorique”
à l’Institut de Biologie Physico-Chimique à Paris (www-lbt.ibpc.fr). Ce laboratoire, situé au cœur du
Quartier Latin, compte un peu plus de 30 membres, dont 14 chercheurs permanents. Le post-
doctorant aura accès aux ressources informatiques du GENCI ainsi qu’à celles du LBT. La langue
de travail du laboratoire est l’anglais ; la maîtrise du français n’est pas requise. Le projet sera
encadré par le Dr Phuong Nguyen. Pour amples informations, merci
de contacter phuong.nguyen@ibpc.fr