Doctorat (H/F) - Colonisation bactérienne des surfaces en présence de stress mécanique

Sujet de thèse :
La propagation de micro-organismes pathogènes à partir de la surface d'équipements contaminés constitue un enjeu majeur de santé publique, à l'origine d'infections nosocomiales ou de contaminations alimentaires. La contamination de surface par des bactéries implique la sécrétion d'une matrice extracellulaire qui accroît considérablement leur résistance aux agressions chimiques, pharmaceutiques ou mécaniques. Cependant, cette production de matrice et l'adhérence sur des surfaces solides qui en résulte à la surface limitent également la capacité des bactéries à explorer largement leur environnement, conférant un avantage adaptatif aux espèces ayant des interactions de surface plus transitoires. La compétition et la coopération entre différentes souches ou espèces dépendent donc fortement de leur stratégie d'exploration de surface, mais aussi des contraintes physiques externes auxquelles elles peuvent être confrontées, soit de manière continue sous l'effet d'un écoulement, soit lors d'événements catastrophiques tels que le démouillage de la surface.
Ce projet de doctorat vise à étudier expérimentalement comment la décontamination de surface induite par le démouillage peut influencer l'équilibre entre différentes bactéries en compétition pour la colonisation de surface, et comment des effets coopératifs peuvent survenir grâce au partage des composants de la matrice sécrétée.
Le candidat retenu mettra à profit le savoir-faire expérimental des équipes impliquées en microbiologie, microfluidique, microscopie et analyse d'images afin d'étudier le rôle de la motilité et de la matrice extracellulaire dans la compétition bactérienne pour la colonisation des surfaces, ainsi que la manière dont cette compétition est affectée par des événements catastrophiques tels que le démouillage de la surface. Il concevra et réalisera des expériences modèles visant à visualiser l'adhérence bactérienne, la formation de colonies, ainsi que l'élimination ou la réorganisation subséquente des bactéries lors du passage d'une bulle dans un canal d'écoulement. Dans un deuxième temps, il étudiera également si des sous-populations de bactéries présentant des phénotypes particuliers sont sélectionnées lors du passage de la bulle et du séchage, et si cette sélection influence l'équilibre écologique à la surface. Enfin, il collaborera avec une équipe de physiciens et de théoriciens de la matière molle afin de modéliser ses données expérimentales.
Contexte :
ENVIRONNEMENT DE TRAVAIL Le projet est une collaboration entre les équipes du Dr Delphine Débarre au Laboratoire de Physique Interdisciplinaire (LIPhy) de Grenoble et du Dr Sigolène Lecuyer au Laboratoire de Physique de l’ENS Lyon. Vous travaillerez principalement à Grenoble, avec des missions à Lyon et dans d’autres laboratoires du réseau.
Grenoble est la plus grande ville des Alpes françaises et l’un des pôles de recherche les plus renommés de France, offrant
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