Doctorat (H/F): développement de méthodes de protéomique sur cellule unique pour l'étude des neuroinfec
Référence : UMR5089-ANNGON-005
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
- Localisation : 31077 TOULOUSE (France)
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
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Nature du contrat
CDD de 3 ans
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels La rémunération est d'un minimum de 2300,00 € mensuel € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Sujet de thèse :
Cette thèse, à dominante méthodologique, vise à développer et valider un ensemble cohérent de méthodes de protéomique sur cellule unique (single-cell proteomics, SCP) par spectrométrie de masse, couvrant toute la chaîne analytique : isolement et préparation sans perte des cellules (robot CellenONE), acquisition haute sensibilité et haut débit (timsTOF SCP, Orbitrap Astral), et traitement bioinformatique des données. L'enjeu est de repousser conjointement les frontières du domaine (sensibilité, profondeur, débit et résolution spatiale) pour des cellules primaires de petite taille.
Les méthodes développées seront éprouvées sur deux applications biologiques complémentaires. L'application principale, le projet ProteoVir (programme « Recherche à risque et à impact » du CNRS), porte sur la protéomique spatiale sur cellule unique des neuroinfections : cartographier, en conservant la topographie du tissu, l'impact d'infections virales neurotropes sur le protéome de cellules individuelles (modèles neuraux, organoïdes cérébraux). L'application secondaire porte sur la modulation fine du protéome des sous-populations de cellules immunitaires au cours de la réponse immunitaire.
Contexte :
La thèse se déroulera à l'Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale (IPBS, UMR 5089, CNRS / Université de Toulouse), au sein de l'équipe « Protéomique et Spectrométrie de Masse des Biomolécules » dirigée par Odile Schiltz. Cette équipe héberge la plateforme ProteoToul et constitue l'un des nœuds de l'infrastructure nationale en protéomique ProFI. Forte d'une vingtaine de personnes aux expertises complémentaires (spectrométrie de masse, biochimie, bioinformatique), elle est équipée pour la protéomique sur cellule unique : robot d'isolement et de préparation CellenONE, systèmes chromatographiques Evosep, spectromètres de masse ultrasensibles timsTOF SCP et Orbitrap Astral Zoom, et environnement bioinformatique dédié.
La thèse sera encadrée par Odile Schiltz (HDR, directrice de thèse) et Anne Gonzalez de Peredo (co-encadrante). Elle s'inscrira dans un environnement collaboratif national avec les autres nœuds de ProFI (Grenoble et Strasbourg), et les équipes collaboratrices pour (IRIM, Montpellier; CIML, Marseille).
Profil recherché
Contraintes et risques :
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents
- Spécialisation Formations générales
Langues
- Français Seuil
Qui sommes-nous ?
Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.
C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.
Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.
Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
À propos de l'offre
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
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Vacant
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Chercheuse / Chercheur
