Doctorat H/F en microscopie & analyse d'image pour étudier le noyau 3D des plantes
Référence : UMR6293-CHRTAT-002
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
- Localisation : 63000 CLERMONT FERRAND (France)
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
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Nature du contrat
CDD de 3 ans
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels Salaire mensuel brut à partir de 2300€ € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Sujet de thèse :
Titre: Mobilité de la chromatine induite par les changements de température
Objectifs : Le stress thermique affecte l’organisation de l’hétérochromatine et les mouvements nucléaires, mais son impact à l’échelle du gène reste mal compris. Ce projet de recherche vise à quantifier l’activité transcriptionnelle en fonction de la position relative des gènes dans le noyau, selon leur localisation chromosomique. Les mesures seront réalisées dans des conditions témoins et de stress thermique, à la fois chez le type sauvage et chez des plantes mutantes affectées dans la perception et l’adaptation à la température (hsfA2 et hsp101).
Objectif 1 : Quantifier la mobilité de 12 régions de chromatine marquées par le système ANCHOR lors d’une réponse à une vague de chaleur (27°C, 37°C) à l’aide d'une chaine d'analyse d'images appelée ChromTrack3D.
Objectif 2 : Quantifier la mobilité chromatinienne de trois loci candidats répondant au stress thermique (27°C, 37°C) chez le type sauvage et chez des plantes altérées dans la réponse au stress thermique, en utilisant ANCHOR et ChromTrack3D.
Objectif 3 : Quantifier les changements d’expression des trois loci candidats avec une résolution allélique, en utilisant le marquage MS2 et la technique single molecule RNA FISH couplée à ANCHOR.
En parallèle, des collaborations seront mises avec des partenaires publiques et privés afin d’optimiser notre méthode actuelle de suivi de gènes pour l’imagerie en direct à long terme (jusqu’à 12 h), permettant la mesure de la mobilité chromatinienne en 3D (ChromTrack3D). De plus, l’utilisation de dispositifs microfluidiques sera développée afin de réduire le stress subi par les plantes dans le cadre d’expériences longues.
Nous espérons les résultats suivants:
R1 : Un protocole prêt à l’emploi pour le suivi et l’analyse à long terme de la position des gènes in planta à l’aide du système ANCHOR.
R2 : Des ensembles d’images en time-lapse de loci marqués par ANCHOR pendant la réponse au stress thermique chez le type sauvage et les mutants.
R3 : Des données quantitatives sur la mobilité des gènes et les niveaux de transcription correspondant à R2.
R4 : Un modèle fonctionnel de la reprogrammation transcriptionnelle spatio-temporelle pendant la réponse au stress thermique dans le noyau.
Les activités principales sont les suivantes:
Réaliser des acquisitions en microscopie confocale (en haute résolution et en conditions de vie cellulaire).
Mener des expériences de biologie moléculaire (clonage, PCR, génotypage, extraction d’ARN, séquençage, etc.).
Effectuer des analyses d’images incluant la segmentation, le suivi d’objets et les mesures quantitatives.
Compétences requises
Bonnes connaissances en biologie moléculaire végétale.
Bonnes connaissances en microscopie et expérience en microscopie confocale.
Rigueur expérimentale garantissant la reproductibilité des résultats.
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr...
Profil recherché
Contraintes et risques :
Ce recrutement s’inscrit dans un projet européen MSCA. Dans ce cadre et dans le respect des clauses du projet, les candidats ne doivent pas avoir résidés en France au cours des 3 dernières années.
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
- Spécialisation Formations générales
Langues
- Français Seuil
Qui sommes-nous ?
Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.
C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.
Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.
Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
À propos de l'offre
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
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Vacant
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Chercheuse / Chercheur
